9e9v

Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 124.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e9v
沉积日期 deposition_date	2024-11-08
结构标题 title	Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H
关键词 keywords	APOBEC3H HIV-1 Vif, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-RNA complex; VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.52 Å
零角强度 I(0) i0	414382000.00
分子量 molecular_weight	156200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191650 Å³
包络体积 envelope_volume	285200 Å³
水化壳体积 shell_volume	61031 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.95 Å
包络 Rg envelope_rg	38.02 Å
形状 Rg shape_rg	38.50 Å
总 Rg total_rg	38.97 Å
总原子数 total_atoms	10935
残基数 n_residues	1273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	414400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.420
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	single-stranded DNA cytosine deaminase
分子量 formula_weight	21768.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E
原子数 atom_count	10935

MALLTAETFRLQFNNRRRLRRPYYPRKALLCYQLTPQNGSTPTRGYFENKKKCHAEICFINEIKSMGLDETQCYQVTCYLTWSPCSSCAWKLVDFIQAHDHLNLRIFASRLYYHWCKPQQEGLRLLCGSQVPVEVMGLPEFNDCWENFVDHEKPLSFDPCKMLEELDKNSRAIKRRLERIKQS

来源 Source

来源生物 organism	Pan troglodytes
通用名 common_name	chimpanzee
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPCPGPGPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3160.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

AUACCCGGCA

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPCPCPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2887.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

UGCCGGGUA

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11488.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Virion infectivity factor
分子量 formula_weight	20982.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p,t

MENRWQVMIVWQVDRMRINTWKRLVKHHMYISRKAKDWFYRHHYESTNPKISSEVHIPLGDAKLVITTYWGLHTGERDWHLGQGVSIEWRKKRYSTQVDPDLADQLIHLHYFDCFSESAIRNTILGRIVSPRCEYQAGHNKVGSLQYLALAALIKPKQIKPPLPSVRKLTEDRWNK

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	Core-binding factor subunit beta
分子量 formula_weight	20272.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o,s

MPRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQARFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLQRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQAFEEARRRTREFEDRDRSHREEMEVRVSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215818

fit	/app/data/saxs_computation/e9/9e9v/9e9v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e9/9e9v/9e9v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e9/9e9v/9e9v.dat

Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)