9eav

Structure of Citrobacter BubCD(D104A/Y370F)-BubB-BubA(155-229)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eav
沉积日期 deposition_date	2024-11-11
结构标题 title	Structure of Citrobacter BubCD(D104A/Y370F)-BubB-BubA(155-229)
关键词 keywords	ubiquitin, E1, E2, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.02 Å
零角强度 I(0) i0	289484000.00
分子量 molecular_weight	137900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	172410 Å³
包络体积 envelope_volume	218980 Å³
水化壳体积 shell_volume	50212 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.75 Å
包络 Rg envelope_rg	38.19 Å
形状 Rg shape_rg	38.06 Å
总 Rg total_rg	38.11 Å
总原子数 total_atoms	9705
残基数 n_residues	1229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	289500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6461
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.193
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.850

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Citrobacter BubCD
分子量 formula_weight	50900.7 kDa
突变 mutation	D104A, Y370F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10351

SNASSGNRLILTQELHTMLQKHLFPGDGKEAAAILICNRYEGGRLKLLAKELILVPYEECKSRTSDFIAWPGNYLEKAIDVAEEKSMSIILIHSHPGGFLVFSDTADSSDMQTMQSLFQGVDAIHGSAIMIHSGEMRARLYREGKFAENVELVTVAGDDIHYWWDDKTEQQLKPIAFTSGMTDTFQKLTAAIIGVSGTGSIVAEQVARLGFGEILLIDHDHIEKKNLNRILNSTLKDALSHRPKVDMFAEAIRCIRGEDISRPINNTIFSREAVLAAANADVLFCCVDTYLARMIADRIASSFLIPLLDVGVKIPTHVDPDDGRKITDVTGRIDYVKPGGSTLSDRLVYTPELIYRENLNAEEYEEQLERGFITGVEEEAPSVITLNMRAASACVSEFIARCFPFREYPNKRFTRTFFSLAGVEEDYIDESSITQALNTRLAVGGEEPLLGLPELGDK

来源 Source

来源生物 organism	Citrobacter sp. RHBSTW-00271
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2742642
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Citrobacter BubA
分子量 formula_weight	8807.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SNATWKLNIQGKEFTFDTPTVVIRDAVIRAGLNPNQAWHIFLKVEGQPKVEKNIDDVIDLRTPGIEKLRLTPKDVNNG

来源 Source

来源生物 organism	Citrobacter sp. RHBSTW-00271
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2742642
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Citrobacter BubB
分子量 formula_weight	15695.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

SNAEEPRATRRDFSLRPEDEHYLDEMGYCWETRLVGNARWLIIHDYELPDGYNHHQVNLALLITSGYPVNMLDMFYVYPPLVRVNGVNIPATEATVAIDSVAYQRWSRHRSWNPEIDSVISQLAMADGCLQKEVGQ

来源 Source

来源生物 organism	Citrobacter sp. RHBSTW-00271
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2742642
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	646

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.837 Å
晶胞边长 b length_b	136.837 Å
晶胞边长 c length_c	172.816 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	34.210 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1831
R_free r_free	0.2036

fit	/app/data/saxs_computation/ea/9eav/9eav.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/9eav/9eav.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/9eav/9eav.dat

Structure of Citrobacter BubCD(D104A/Y370F)-BubB-BubA(155-229)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)