9ecn

M. acetivorans MCR containing a 2-methylglutamine modification

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ecn
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	M. acetivorans MCR containing a 2-methylglutamine modification
关键词 keywords	2-methylglutamine, MCR, Methyl-coenzyme M reductase, post-translational modification, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.19 Å
零角强度 I(0) i0	1139230000.00
分子量 molecular_weight	271110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	336330 Å³
包络体积 envelope_volume	378820 Å³
水化壳体积 shell_volume	78390 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.15 Å
包络 Rg envelope_rg	37.49 Å
形状 Rg shape_rg	37.20 Å
总 Rg total_rg	37.64 Å
总原子数 total_atoms	19014
残基数 n_residues	2482
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1139000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8845
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	409100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
分子量 formula_weight	62208.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	20407

MAADIFAKFKKSMEVKFTQEYGSNKQAGGDITGKTEKFLRLGPEQDARKQEMIKAGKEIAEKRGIAFYNPMMHMGAPLGQRAITPYTISGTDIVAEPDDLHYVNNAAMQQMWDDIRRTCIVGLDMAHETLEKRLGKEVTPETINHYLETLNHAMPGAAVVQEMMVETHPALVDDCYVKIFTGDDELADEIDKQYVINVNKMFSEEQAAQIKASIGKTTWQAIHIPTIVSRTTDGAQTSRWAAMQIGMSFISAYAMCAGEAAVADLSFAAKHAALVSMGEMLPARRARGPNEPGGLSFGHLSDIVQTSRVSKDPAKIALEVVGAGCMLYDQIWLGSYMSGGVGFTQYATAAYTDDILDNNTYYDVDYINDKYNGAANLGTDNKVKATLDVVKDIATESTLYGIETYEKFPTALEDHFGGSQRATVLAAASGVACALATGNANAGLSGWYLSMYVHKEAWGRLGFFGFDLQDQCGATNVLSYQGDEGLPDELRGPNYPNYAMNVGHQGGYAGIAQAAHSGRGDAFTVNPLLKVCFADELMPFNFAEPRREFGRGAIREFMPAGERSLVIPAK

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina acetivorans C2A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	188937
宿主生物 host_organism	Methanosarcina acetivorans C2A

Entity 2 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit beta
分子量 formula_weight	45174.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSDTVDIYDDRGKLLESNVDIMSLAPTRNAAIKKIILDTKRSVAVSLAGIQGALASGKMGGKGRQILGRGLNYDLVGNADAIAENVKNLVQVDEGDDTSVKVIKGGKSLLIQAPSSRIAAGADYMSATTVGAAAVTQTIIDMFGTDMYDAPIAKSAVWGSYPQTMDLMGGNVQGVLSIPQNNEGLGFSLRNIMANHIAAITSRGAMNAAALSSIYEQSGIFEMGGAVGMFERHQLLGLACQGLNANNVVYDIVKENGKDGTIGTVIESIVGRAVEDGVISVDKTAPSGYKFYKANDVPMWNAYAAAGTLAATFVNCGAGRAAQNVSSTLLYFNDILEKETGLPGCDYGKVQGVAVGFSFFSHSIYGGGGPGVFNGNHVVTRHSRGFAIPCVCAAVALDAGTQMFTIESTSGLIGDVFGSIEEFRQPIKAVAGAL

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina acetivorans C2A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	188937
宿主生物 host_organism	Methanosarcina acetivorans C2A

Entity 3 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma
分子量 formula_weight	35076.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKGSAASWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKSGGGGSGGGSGGDDDDKMAYEAQYYPGATSVGANRRKHMSGKLEKLREISDEDLTAVLGHRAPGSDYPSTHPPLAEMGEPACSIREAVAATPGAAAGDRVRYVQFADSMYNAPATPYFRSYFAAINFRGVDPGTLSGRQIVEARERDMEQCAKVQMETEMTDPALAGMRGATVHGHSVRLQEDGVMFDMLDRRRLEGGVIIMDKDQVAIPLDRKVNLGKPMSSEEAAKRTTIYRVDNVAFRDDAEVIEWVHRVFDQRTSYGFQPK

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina acetivorans C2A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	188937
宿主生物 host_organism	Methanosarcina acetivorans C2A

Entity 4 non-polymer

描述 description	FACTOR 430
分子量 formula_weight	906.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	Coenzyme B
分子量 formula_weight	343.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE
分子量 formula_weight	481.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1383

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.470 Å
晶胞边长 b length_b	82.940 Å
晶胞边长 c length_c	122.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1542
R_work r_work	0.1521
R_free r_free	0.1927

fit	/app/data/saxs_computation/ec/9ecn/9ecn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/9ecn/9ecn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/9ecn/9ecn.dat

M. acetivorans MCR containing a 2-methylglutamine modification

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)