9egc

AclA from Tenacibaculum discolor in complex with the C8-N-acyl cyclolysine reaction product (C8-ACL)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9egc
沉积日期 deposition_date	2024-11-21
结构标题 title	AclA from Tenacibaculum discolor in complex with the C8-N-acyl cyclolysine reaction product (C8-ACL)
关键词 keywords	N-acyl-cyclolysine, biosynthesis, signaling, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.79 Å
零角强度 I(0) i0	1139840000.00
分子量 molecular_weight	186980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	182060 Å³
包络体积 envelope_volume	331320 Å³
水化壳体积 shell_volume	66835 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.48 Å
包络 Rg envelope_rg	39.36 Å
形状 Rg shape_rg	39.80 Å
总 Rg total_rg	40.06 Å
总原子数 total_atoms	14204
残基数 n_residues	1746
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1140000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.043
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.623
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	284900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein
分子量 formula_weight	30056.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	14317

MGSSHHHHHHSQDPMKHRYSRNRLYLNPKEQELIKDYPILLGGAGIGSIIAECALRFGFENITIVDGDHVENSNLNRQNYTEGDVSVNKVEAIKARLKSINSKANIKIHNCFLTSDNVEEYIKGHKVAINALDFSSEVPLLFDEICQKMDIPVLHPYNLGWGGLVTIISPKGLSLNSIAKKGEKFNELNVVEYVSSYMRFWGKPQEWLEDIIYKFKNEREKLSPPQLSVGSWVVAGMCTHILFNIATQREIKSFPEFYLSSLEG

来源 Source

来源生物 organism	Tenacibaculum discolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	361581
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(3R)-2-oxoazepan-3-yl]octanamide
分子量 formula_weight	254.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	MALEIC ACID
分子量 formula_weight	116.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	204.374 Å
晶胞边长 b length_b	84.360 Å
晶胞边长 c length_c	164.527 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	29.460 Å
R 因子 r_factor	0.1815
R_work r_work	0.1793
R_free r_free	0.2221

fit	/app/data/saxs_computation/eg/9egc/9egc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/9egc/9egc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/9egc/9egc.dat

AclA from Tenacibaculum discolor in complex with the C8-N-acyl cyclolysine reaction product (C8-ACL)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction