9ehe

Structure of short Lettuce aptamer (A5T variant) bound with TO1-biotin.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ehe
沉积日期 deposition_date	2024-11-22
结构标题 title	Structure of short Lettuce aptamer (A5T variant) bound with TO1-biotin.
关键词 keywords	Structure of short Lettuce aptamer (A5T variant) bound with TO1-biotin., DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.26 Å
零角强度 I(0) i0	13577700.00
分子量 molecular_weight	17209.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16778 Å³
包络体积 envelope_volume	23790 Å³
水化壳体积 shell_volume	11954 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.93 Å
包络 Rg envelope_rg	20.06 Å
形状 Rg shape_rg	19.14 Å
总 Rg total_rg	19.81 Å
总原子数 total_atoms	1140
残基数 n_residues	53
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7373
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.730
峰度 Kurtosis kurtosis	0.059
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2248000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.459; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.217; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA 53-mer
分子量 formula_weight	16533.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1212

CTTAGTAGGGTTGATGCGGCAGTGGGCTTCGCAGTTCCTGCGAGGGGACTAAG

Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYLFORMAMIDE
分子量 formula_weight	73.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;4-[(3-{2,16-dioxo-20-[(3aR,4R,6aS)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-6,9,12-trioxa-3,15-diazaicosan-1-yl}-1,3-benzothiazol-3-ium-2-yl)methyl]-1-methylquinolin-1-ium ;
分子量 formula_weight	751.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	24.456 Å
晶胞边长 b length_b	43.258 Å
晶胞边长 c length_c	118.383 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.630 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2256
R_work r_work	0.2231
R_free r_free	0.2736

fit	/app/data/saxs_computation/eh/9ehe/9ehe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eh/9ehe/9ehe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eh/9ehe/9ehe.dat

Structure of short Lettuce aptamer (A5T variant) bound with TO1-biotin.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)