9ehs

Structure of a human adenosine A3 receptor complex bound to the covalent antagonist LUF7602

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 125.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ehs
沉积日期 deposition_date	2024-11-24
结构标题 title	Structure of a human adenosine A3 receptor complex bound to the covalent antagonist LUF7602
关键词 keywords	G protein-coupled receptor, adenosine binding, seven transmembrane protein, MEMBRANE PROTEIN, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.05 Å
零角强度 I(0) i0	300552000.00
分子量 molecular_weight	94982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92518 Å³
包络体积 envelope_volume	179890 Å³
水化壳体积 shell_volume	39936 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.94 Å
包络 Rg envelope_rg	38.15 Å
形状 Rg shape_rg	39.02 Å
总 Rg total_rg	39.28 Å
总原子数 total_atoms	7201
残基数 n_residues	924
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	300500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8538
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.320
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.400

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24539.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7201

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 2 polymer

描述 description	elbow nanobody
分子量 formula_weight	15071.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

HHHHHHGENLYFQGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 polymer

描述 description	BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23499.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 4 polymer

描述 description	Adenosine receptor A3,adenosine A3 receptor fused to BRIL
分子量 formula_weight	53118.2 kDa
突变 mutation	S97R mutation
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

DYKDDDDAMGANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSLEVLFQGPSTALSLANVTYITMEIFIGLCAIVGNVLVICVVKLNPSLQTTTFYFIVSLALADIAVGVLVMPLAIVVSLGITIHFYSCLFMTCLLLIFTHARIMSLLAIAVDRYLRVKLTVRYKRVTTHRRIWLALGLCWLVSFLVGLTPMFGWNMKLTSEYHRAVTFLSCQFVSVMRMDYMVYFSFLTWIFIPLVVMCAIYLDIFYIIRNKLADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLERARSTLQREFKTAKSLFLVLFLFALSWLPLSIINCIIYFNGEVPQLVLYMGILLSHANSMMNPIVYAYKIKKFKETYLLILKACVVCHPLEVLFQGPSDSLDTSIEKNSEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 non-polymer

描述 description	LUF7602
分子量 formula_weight	517.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	328104

fit	/app/data/saxs_computation/eh/9ehs/9ehs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eh/9ehs/9ehs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eh/9ehs/9ehs.dat

Structure of a human adenosine A3 receptor complex bound to the covalent antagonist LUF7602

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)