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PasI from Photorhabdus asymbiotica bound to vanadyl, succinate, and 5-amino-6-hydroxy-octanosyl acid 2-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ei7
沉积日期 deposition_date	2024-11-25
结构标题 title	PasI from Photorhabdus asymbiotica bound to vanadyl, succinate, and 5-amino-6-hydroxy-octanosyl acid 2-phosphate
关键词 keywords	iron, polyoxin, biosynthesis, vanadyl, nucleotide, high-carbon sugar, oxygen, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.07 Å
零角强度 I(0) i0	22085000.00
分子量 molecular_weight	24146.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23446 Å³
包络体积 envelope_volume	37351 Å³
水化壳体积 shell_volume	18001 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.80 Å
包络 Rg envelope_rg	17.88 Å
形状 Rg shape_rg	17.02 Å
总 Rg total_rg	17.94 Å
总原子数 total_atoms	1827
残基数 n_residues	216
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7636
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	0.048
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5226000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.643; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	26442.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2044

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMIDFNAIKNAELLVKPFKVGITTNLFTDPKPLFKSYPNSGFHNIEKGTEHEKQYRFSVREITTSDLENDFKNLGKCWQILYQEVSSVQYRDAILKAIDLDISGLKFKMGFYKYYRTGDWISPHKDKPEKILNHVMFFNETWNCANGGQFLGLRSQNMDDIVFEVEPLVGNSVFFEPRENSWHAVRPLLCDQPRLSVQIEIFRTQF

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus asymbiotica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	291112
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-(5-amino-3,7-anhydro-5-deoxy-2-O-phosphono-D-threo-beta-D-allo-octofuranuronosyl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
分子量 formula_weight	409.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	VANADIUM ION
分子量 formula_weight	50.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	217

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.106 Å
晶胞边长 b length_b	104.230 Å
晶胞边长 c length_c	39.954 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.480 Å
最低分辨率 resolution_low	52.050 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2143

fit	/app/data/saxs_computation/ei/9ei7/9ei7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/9ei7/9ei7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/9ei7/9ei7.dat