SAXSdb — 9ei9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ei9
沉积日期 deposition_date	2024-11-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Victoria 2011 HA trimer
关键词 keywords	HA, influenza, flu, N-term, H3, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.94 Å
零角强度 I(0) i0	708691000.00
分子量 molecular_weight	206780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	252820 Å³
包络体积 envelope_volume	397210 Å³
水化壳体积 shell_volume	67446 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.38 Å
包络 Rg envelope_rg	52.23 Å
形状 Rg shape_rg	51.12 Å
总 Rg total_rg	50.35 Å
总原子数 total_atoms	14564
残基数 n_residues	1928
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.5 Å
Rg (实空间) rg_real	51.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	707900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5484
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.556
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.078

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1
分子量 formula_weight	37546.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,G
原子数 atom_count	14564

QKLPGNDNSTATLCLGHHAVPNGTIVKTICNDQIEVTNATELVQNSSIGEICDSPHQILDGENCTLIDALLGDPQCDGFQNKKWDLFVERSKAYSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFNNESFNWTGVTQNGTSSACIRRSNNSFFSRLNWLTQLNFKYPALNVTMPNNEQFDKLYIWGVHHPVTDKDQIFLYAQSSGRITVSTKRSQQAVIPNIGYRPRIRNIPSRISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIRSGKSSIMRSDAPIGKCNSECITPNGSIPNDKPFQNVNRITYGACPRYVKQSTLKLATGMRNVPEKQTRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
通用名 common_name	A/Victoria/361/2011(H3N2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268360
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2
分子量 formula_weight	25234.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,I

GIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGRGQAADLKSTQAAIDCINGKLNRLIGKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFEKTKKQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDVYRDEALNNRFQIKGVSGRLVPRGSPGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
通用名 common_name	A/Victoria/361/2011(H3N2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268360
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	5E10 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	13463.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H

QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTFGMGVGWIRQPSGKGLEWLAHIWWDNDEYCNPALKSRLTISKDTSKNHIFLKIANVDTADTATYYCARIFANYGGDAMDYWGQGTSVTVSSA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	5E10 Fab Light chain
分子量 formula_weight	11616.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

QAVVTQESALTTSPGGTVILTCRSSTGAVTTSNYANWVQKKPDHLFTGLIGGTSNRVSGVPVRFSGSLIGDKAALTITGAQTEDDAMYFCALWFSTHYVFGGGTKVTVLSQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.890 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28277

fit	/app/data/saxs_computation/ei/9ei9/9ei9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/9ei9/9ei9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/9ei9/9ei9.dat

Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Victoria 2011 HA trimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)