9emf

KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing one HNA nucleotide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9emf
沉积日期 deposition_date	2024-03-08
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing one HNA nucleotide
关键词 keywords	Polymerase, XNA, modified nucleotides, Reverse transcriptase, TRANSFERASE, HNA; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.84 Å
零角强度 I(0) i0	157301000.00
分子量 molecular_weight	96927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120170 Å³
包络体积 envelope_volume	151980 Å³
水化壳体积 shell_volume	41680 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.91 Å
包络 Rg envelope_rg	29.42 Å
形状 Rg shape_rg	29.83 Å
总 Rg total_rg	30.54 Å
总原子数 total_atoms	6802
残基数 n_residues	783
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	157300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9074
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.928

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	89976.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6811

MILDTDYITEDGKPVIRIFKKENGEFKIEYDRTFEPYFYALLKDDSAIEEVKKITAERHGTVVTVKRVEKVQKKFLGRPVEVWKLYFTHPQDQPAIRDKIREHPAVIDIYEYDTPFAKRYLIDKGLVPMEGDEELKMLAFAIATLYHEGEEFAEGPILMISYADEEGARVITWKNVDLPYVDVVSTEREMIKRFLRVVKEKDPDVLITYNGDNFDFAYLKKRCEKLGINFALGRDGSEPKIQRMGDRFAVEVKGRIHFDLYPVIRRTINLPTYTLEAVYEAVFGQPKEKVYAEEITTAWETGENLERVARYSMEDAKVTYELGKEFLPMEAQLSRLIGQSLWDVSRSSTGNLVEWFLLRKAYERNELAPNKPDEKELARRRQKYEGGYVKEPERGLWENIVYLDFRSLYPSIIITHNVSPDTLNREGCGEYDVAPQVGHRFCKDLPGFIPSLLGDLLEERQKIKKKMKATIDPIERKLLDYRQRLIKILANSVYGHMGFENARWYCKECAESVTAWGREYLTMTIKEIEEKYGFKVIYSDTDGFFATIPGADAETVKKKAMEFLKYINAKLPGALELEYEGFYKRGFFVTKKKYAVIDEEGKITTRGLEIVRRDWSEIAKETQARVLEALLKDGDVEKAVRIVKEVTEKLSKYEVPPEKLVIHKQITRDLKDYKATGPHVAVAKRLAARGVKIRPGTVISYIVLKGSGRIGDRAIPFDEFDPTKHRYDAEYYIEKQVLPAVERILRAFGYRKEDLRYQKTRQVGLSAWLKPKGT

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis KOD1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPGPGPCPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3930.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GACCACGGCCACA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCP(6HT)PGPTPGPGPCPCPGPTPGPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4944.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AACTGTGGCCGTGGTC

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-2-hydroxy-3-(morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acid
分子量 formula_weight	225.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.091 Å
晶胞边长 b length_b	148.602 Å
晶胞边长 c length_c	66.639 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.300 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2337
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/em/9emf/9emf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/9emf/9emf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/9emf/9emf.dat

KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing one HNA nucleotide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)