9emk

DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9emk
沉积日期 deposition_date	2024-03-08
最后修订 last_revision	2024-10-16
结构标题 title	DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe
关键词 keywords	covalent complex, chemical warhead, ubiquitin enzyme, infection, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.11 Å
零角强度 I(0) i0	269403000.00
分子量 molecular_weight	131680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164570 Å³
包络体积 envelope_volume	208220 Å³
水化壳体积 shell_volume	49703 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.86 Å
包络 Rg envelope_rg	33.63 Å
形状 Rg shape_rg	34.08 Å
总 Rg total_rg	34.73 Å
总原子数 total_atoms	18461
残基数 n_residues	1151
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	269400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9104
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.143
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	66840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.940

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Septation initiation protein
分子量 formula_weight	39498.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	18701

GAMGSILDPEVLKVAEYVYQERLSKPYTEVGPEWEYNHKTPYATRATGTGHNLQRFITIDDQRLHRPIHGLAHTMRTLFYSQLMYEAAKRQPHPHRCADGRTIADLSVQDLKKLNIAQLFFVAGRESEASYGDAYHRYHLYGAKQFEAYARKHLTHLFSEKEIVLYSRCIEDRIGDRFDETAEGYLIHLSHMIDLMRCKSPVEVFIGHSRGVSGIVPTLIQLFGREDGLDIMHYARSLFAATGEAVPYISSSEWPHLGIESDRVERALKIVGSLEVEGQEADAKKTAQAGFSVDGCYGALVKIDTPDWYHQVKEKEDYDVDEVIALPPQITIREEPPKTNESFLLSL

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	91891
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8504.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQALIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

Entity 3 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate
分子量 formula_weight	323.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.808 Å
晶胞边长 b length_b	86.808 Å
晶胞边长 c length_c	146.539 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.170 Å
最低分辨率 resolution_low	75.291 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2389

fit	/app/data/saxs_computation/em/9emk/9emk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/9emk/9emk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/9emk/9emk.dat

DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)