SAXSdb — 9emy

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9emy
沉积日期 deposition_date	2024-03-11
结构标题 title	P. falciparum FIKK13 in complex with ATPgammaS
关键词 keywords	Malaria, kinase, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.39 Å
零角强度 I(0) i0	1066010000.00
分子量 molecular_weight	271730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	338870 Å³
包络体积 envelope_volume	470380 Å³
水化壳体积 shell_volume	78019 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.5 Å
壳层 Rg shell_rg	53.73 Å
包络 Rg envelope_rg	49.44 Å
形状 Rg shape_rg	50.40 Å
总 Rg total_rg	50.44 Å
总原子数 total_atoms	19162
残基数 n_residues	2468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1066000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.795

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	non-specific serine/threonine protein kinase
分子量 formula_weight	49764.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	19180

KDENVNMKSYVYNWELGQKSLIKMLDYADNFYFNGVKYSDWKLTSMRRFNLNNNVLKDHKTYKSIINSKKGNDMKKVKLFIKKIPIDIWVEQFNLMKKYEGEYLIDKENYVMEAVSLAFLNEYYPGITPKFYKILYESDKNNMNEKNCKKYKFQDLNELNDILTKKLENNINGNIVLISEFFGENVFDYIKRKKNTLFVVSDISNEDKKKILYNSLNLLMRLHNAGLTHLDLSPDNMLISPKNYEMRLCDLSQSTPIYTNKLRHKEKLNSIKPFESFEPCIGKIEYIPPECWKIVWKYKMNNIKNPIEYLKNISNQEERKKYYYDVSCADKYMLGIFFIWMWNNGFIWKCSDPIQDKIFEIFMKSNMDLNKFIMTKSWPHELNNLINKLLHMEHRKTVKLSDLSRHPWWSSKN

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 9F10
分子量 formula_weight	14703.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,I,J

QEQLVESGGGLVQAGGSLTLSCASSGGTFETYAMGWFRQAPGKEREFAAAVSWSGGSAHYADSVKGRFTISRDKVKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAADRSYGSSWYHYPEDALDAWGQGTQVTVSSAAAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody 2G9
分子量 formula_weight	14476.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

QVQLVESGGGSVQAGGSLRLSCAASGRTFSSYSMAWFRQAPGKERENVAVISWSGSTSYYAESVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAGPRTTPQAMGAVEYDYWGQGTQVTVSSAAAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	82.397 Å
晶胞边长 b length_b	121.657 Å
晶胞边长 c length_c	151.059 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.814 Å
最低分辨率 resolution_low	64.169 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2423
R_free r_free	0.2862

fit	/app/data/saxs_computation/em/9emy/9emy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/9emy/9emy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/9emy/9emy.dat

P. falciparum FIKK13 in complex with ATPgammaS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)