9emz

13C/15N-labelled Integral Membrane Enzyme LspA in the Lipid Cubic Phase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9emz
沉积日期 deposition_date	2024-03-12
结构标题 title	13C/15N-labelled Integral Membrane Enzyme LspA in the Lipid Cubic Phase
关键词 keywords	Lipid Cubic Phase, LspA, Hydrolase, Globomycin; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.71 Å
零角强度 I(0) i0	64936900.00
分子量 molecular_weight	79456.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106450 Å³
包络体积 envelope_volume	140730 Å³
水化壳体积 shell_volume	37065 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.54 Å
包络 Rg envelope_rg	31.02 Å
形状 Rg shape_rg	31.67 Å
总 Rg total_rg	32.71 Å
总原子数 total_atoms	5637
残基数 n_residues	608
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8866
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2909000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Lipoprotein signal peptidase
分子量 formula_weight	19013.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.36
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5649

MPDVDRFGRLPWLWITVLVFVLDQVSKAFFQAELSMYQQIVVIPDLFSWTLAYNTGAAFSFLADSSGWQRWLFALIAIVVSASLVVWLKRLKKGETWLAIALALVLGGALGNLYDRMVLGHVVDFILVHWQNRWYFPAFNLADSAITVGAVMLALDMFRSKKSGEAAHG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Globomycin
分子量 formula_weight	673.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

LISTX

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.991 Å
晶胞边长 b length_b	106.086 Å
晶胞边长 c length_c	85.919 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	0.2484
R_work r_work	0.2453
R_free r_free	0.3033

fit	/app/data/saxs_computation/em/9emz/9emz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/9emz/9emz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/9emz/9emz.dat

13C/15N-labelled Integral Membrane Enzyme LspA in the Lipid Cubic Phase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)