SAXSdb — 9epr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9epr
沉积日期 deposition_date	2024-03-19
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer
关键词 keywords	Opsin, GPCR, G protein, Signaling Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.63 Å
零角强度 I(0) i0	152775000.00
分子量 molecular_weight	100540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126470 Å³
包络体积 envelope_volume	167020 Å³
水化壳体积 shell_volume	41689 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.61 Å
包络 Rg envelope_rg	34.13 Å
形状 Rg shape_rg	34.62 Å
总 Rg total_rg	35.06 Å
总原子数 total_atoms	7046
残基数 n_residues	890
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	40616.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7046

GGSMGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37416.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
分子量 formula_weight	8556.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPVINIEDLTEKDKLKMEVDQLKKEVTLERMLVSKCCEEFRDYVEERSGEDPLVKGIPEDKNPFKELKGGCVIS

Entity 4 polymer

描述 description	Kumopsin1
分子量 formula_weight	42596.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MLPHAAKMAARVAGDHDGRNISIVDLLPEDMLPMIHEHWYKFPPMETSMHYILGMLIIVIGIISVSGNGVVMYLMMTVKNLRTPGNFLVLNLALSDFGMLFFMMPTMSINCFAETWVIGPFMCELYGMIGSLFGSASIWSLVMITLDRYNVIVKGMAGKPLTKVGALLRMLFVWIWSLGWTIAPMYGWSRYVPEGSMTSCTIDYIDTAINPMSYLIAYAIFVYFVPLFIIIYCYAFIVMQVAAHEKSLREQAKKMNIKSLRSNEDNKKASAEFRLAKVAFMTICCWFMAWTPYLTLSFLGIFSDRTWLTPMTSVWGAIFAKASACYNPIVYGISHPKYRAALHDKFPCLKCGSDSPKGDSASTVAESEKAGEETSQVAPA

来源 Source

来源生物 organism	Hasarius adansoni
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243517
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ep/9epr/9epr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/9epr/9epr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/9epr/9epr.dat

Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)