9ers

Hydrogenase-2 Ni-C state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ers
沉积日期 deposition_date	2024-03-25
最后修订 last_revision	2025-04-09
结构标题 title	Hydrogenase-2 Ni-C state
关键词 keywords	Hydrogenase, hydrogen, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.93 Å
零角强度 I(0) i0	519468000.00
分子量 molecular_weight	182410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226610 Å³
包络体积 envelope_volume	256570 Å³
水化壳体积 shell_volume	59910 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.72 Å
包络 Rg envelope_rg	34.02 Å
形状 Rg shape_rg	34.01 Å
总 Rg total_rg	34.20 Å
总原子数 total_atoms	12746
残基数 n_residues	1637
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	519500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8847
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	328400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.928

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Hydrogenase-2 small chain
分子量 formula_weight	32371.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.99.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T
原子数 atom_count	14239

MAESVTNPQRPPVIWIGAQECTGCTESLLRATHPTVENLVLETISLEYHEVLSAAFGHQVEENKHNALEKYKGQYVLVVDGSIPLKDNGIYCMVAGEPIVDHIRKAAEGAAAIIAIGSCSAWGGVAAAGVNPTGAVSLQEVLPGKTVINIPGCPPNPHNFLATVAHIITYGKPPKLDDKNRPTFAYGRLIHEHCERRPHFDAGRFAKEFGDEGHREGWCLYHLGCKGPETYGNCSTLQFCDVGGVWPVAIGHPCYGCNEEGIGFHKGIHQLANVENQTPRSQKPDVNAKEGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Hydrogenase-2 large chain
分子量 formula_weight	62557.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.99.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

MSQRITIDPVTRIEGHLRIDCEIENGVVSKAWASGTMWRGMEEIVKNRDPRDAWMIVQRICGVCTTTHALSSVRAAESALNIDVPVNAQYIRNIILAAHTTHDHIVHFYQLSALDWVDITSALQADPTKASEMLKGVSTWHLNSPEEFTKVQNKIKDLVASGQLGIFANGYWGHPAMKLPPEVNLIAVAHYLQALECQRDANRVVALLGGKTPHIQNLAVGGVANPINLDGLGVLNLERLMYIKSFIDKLSDFVEQVYKVDTAVIAAFYPEWLTRGKGAVNYLSVPEFPTDSKNGSFLFPGGYIENADLSSYRPITSHSDEYLIKGIQESAKHSWYKDEAPQAPWEGTTIPAYDGWSDDGKYSWVKSPTFYGKTVEVGPLANMLVKLAAGRESTQNKLNEIVAIYQKLTGNTLEVAQLHSTLGRIIGRTVHCCELQDILQNQYSALITNIGKGDHTTFVKPNIPATGEFKGVGFLEAPRGMLSHWMVIKDGIISNYQAVVPSTWNSGPRNFNDDVGPYEQSLVGTPVADPNKPLEVVRTIHSFDPCMACAVHVVDADGNEVVSVKVL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1353

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.864 Å
晶胞边长 b length_b	100.065 Å
晶胞边长 c length_c	168.359 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	44.732 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1732
R_free r_free	0.1966

fit	/app/data/saxs_computation/er/9ers/9ers.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/9ers/9ers.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/9ers/9ers.dat

Hydrogenase-2 Ni-C state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)