9erv

Structure of Salmonella CapRel bound to Bas11 Gp54

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9erv
沉积日期 deposition_date	2024-03-25
结构标题 title	Structure of Salmonella CapRel bound to Bas11 Gp54
关键词 keywords	tRNA pyrophosphokinase, activated enzyme complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.27 Å
零角强度 I(0) i0	33708300.00
分子量 molecular_weight	44621.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56033 Å³
包络体积 envelope_volume	68955 Å³
水化壳体积 shell_volume	24882 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.14 Å
包络 Rg envelope_rg	23.39 Å
形状 Rg shape_rg	23.26 Å
总 Rg total_rg	24.17 Å
总原子数 total_atoms	3133
残基数 n_residues	386
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9024
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8501000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RelA/SpoT family protein
分子量 formula_weight	42710.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3487

GSEVYQSQKCELKYSKSQIEKAARKIRHGCEGAEREEAIKMIQNFRELHLYPLMLMKNHLDRAAKKVDKENKIIVARRLKRLSTIIDKLERPSLDGGATNNAIALTRMQDIGGCRAIVRNIEQLKKLKDRLVKSRSKHKILKEYDYLTPKPSGYSGIHLAYSCFDEENGNNPWSKTKIEVQLRTELQHAWATSLEIIDTLENIKLKTSNEGHPEWRRFFYLSGCLVAHDEGACILDDETIKNYQTELKTLEEALSVRSKLSTYTFAMKLTSDANLKKSLPKNHNGFFLVRMRNAITKNGKDTGKFLVSVKPFRKKESEQALQELNKDDADPEVLIAVLLATNNIKSLKKAYPNYFGSTNQFGRFLSRHIDTV

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	590
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	GP54
分子量 formula_weight	8971.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKHHHHHHGSSGMQDQIDAKVIRRNPELTPGIFKKGIEITIDLEEMVCYHSGLTWKVKQLTNTLWSLAGDEHTVMEVI

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	38018
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	354

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.695 Å
晶胞边长 b length_b	103.264 Å
晶胞边长 c length_c	209.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.253 Å
最低分辨率 resolution_low	50.130 Å
R 因子 r_factor	0.2011
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/er/9erv/9erv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/9erv/9erv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/9erv/9erv.dat

Structure of Salmonella CapRel bound to Bas11 Gp54

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)