9exf

Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain bound to YAP1801 peptide (LIDM)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9exf
沉积日期 deposition_date	2024-04-08
结构标题 title	Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain bound to YAP1801 peptide (LIDM)
关键词 keywords	Clathrin, YAP1801, Adaptor protein, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.30 Å
零角强度 I(0) i0	404411000.00
分子量 molecular_weight	169320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213570 Å³
包络体积 envelope_volume	283450 Å³
水化壳体积 shell_volume	53960 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.08 Å
包络 Rg envelope_rg	50.25 Å
形状 Rg shape_rg	50.27 Å
总 Rg total_rg	50.16 Å
总原子数 total_atoms	23954
残基数 n_residues	1535
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	403800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6931
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.703
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.189
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	94170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.434; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.392; Smooth: 0.314

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Clathrin heavy chain
分子量 formula_weight	40976.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24635

GAMAMSDLPIEFTELVDLMSLGISPQFLDFRSTTFESDHFVTVRETKDGTNSVAIVDLAKGNEVTRKNMGGDSAIMHPSQMVISVRANGTIVQIFNLETKSKLKSFTLDEPVIFWRWLSETTLGFVTARSILTSNVFDGNVNAKPQLLTLRHANLNNTQIINFVANKNLDWFAVVGILQENGRIAGRIQLFSKQRNISQAIDGHVAIFTNILLEGNGSTPVQVFVTGNRNATTGAGELRIIEIDHDASLPSQYQKETTDIFFPPDATNDFPIAVQVSEKYGIIYLLTKYGFIHLYELETGTNLFVNRITAESVFTAAPYNHENGIACINKKGQVLAVEISTSQIVPYILNKLSNVALALIVATRGGLPGADDL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Clathrin coat assembly protein AP180A
分子量 formula_weight	832.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,J,K,O,N,M,P

NLNLIDM

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	614

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.083 Å
晶胞边长 b length_b	89.739 Å
晶胞边长 c length_c	188.122 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	65.013 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1814
R_free r_free	0.2120

fit	/app/data/saxs_computation/ex/9exf/9exf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ex/9exf/9exf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ex/9exf/9exf.dat

Crystal structure of Yeast Clathrin Heavy Chain N-terminal domain bound to YAP1801 peptide (LIDM)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)