9exv

Broad substrate scope C-C oxidation in cyclodipeptides catalysed by a flavin-dependent filament

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 107.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9exv
沉积日期 deposition_date	2024-04-08
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	Broad substrate scope C-C oxidation in cyclodipeptides catalysed by a flavin-dependent filament
关键词 keywords	Cyclodipeptides oxidase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.95 Å
零角强度 I(0) i0	112156000.00
分子量 molecular_weight	81304.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100770 Å³
包络体积 envelope_volume	125120 Å³
水化壳体积 shell_volume	35752 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.33 Å
包络 Rg envelope_rg	30.23 Å
形状 Rg shape_rg	29.97 Å
总 Rg total_rg	30.40 Å
总原子数 total_atoms	5704
残基数 n_residues	739
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8240
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.536
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.141
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.750

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitroreductase
分子量 formula_weight	21234.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5704

MDTGSSEPDANRCPSQRSSHALQTLTTRRAVRAFADRPVDDSLLDPMLDAMLAAPSASNKQAWAFVAVRERRALRLLRAFSPGIIELPPLVVAACFDRSRAVGGSGNSTDSGDSWDEGMLCVAMAVENLLLAAHCLGLGGCPSGSFRRGPVRRLLGLPDHLEPLLLVPIGHPARPLAPAPRRDRNEVVSHERWGTGSS

来源 Source

来源生物 organism	Nocardiopsis dassonvillei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	AlbB
分子量 formula_weight	11460.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F

MSAGEPEVRQVGEELLLLAAYLLSSGRGLLDEPRQYGTFRCLDAARRVLALAAGTGPHHPELDALRGRMDDVMCGPMGDHELDTLLDQMCERLATVLEDPDVISD

来源 Source

来源生物 organism	Nocardiopsis dassonvillei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	849600

fit	/app/data/saxs_computation/ex/9exv/9exv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ex/9exv/9exv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ex/9exv/9exv.dat

Broad substrate scope C-C oxidation in cyclodipeptides catalysed by a flavin-dependent filament

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)