9ezz

Bacterial histone protein HBb from Bdellovibrio bacteriovorus bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ezz
沉积日期 deposition_date	2024-04-14
结构标题 title	Bacterial histone protein HBb from Bdellovibrio bacteriovorus bound to DNA
关键词 keywords	Bacterial histone, protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.49 Å
零角强度 I(0) i0	6329250.00
分子量 molecular_weight	16060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19194 Å³
包络体积 envelope_volume	23787 Å³
水化壳体积 shell_volume	12658 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.7 Å
壳层 Rg shell_rg	21.70 Å
包络 Rg envelope_rg	17.59 Å
形状 Rg shape_rg	17.43 Å
总 Rg total_rg	18.34 Å
总原子数 total_atoms	1104
残基数 n_residues	133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3290e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8940e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6329000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8737
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.442
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	733500.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.794; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain-containing protein
分子量 formula_weight	7189.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1166

GHMAEVLVVTSKVKKLIKEKGQMNTSAETIDVLSKAIEQLCLKGVESAKADGRKTVMARDIVIDHL

来源 Source

来源生物 organism	Bdellovibrio bacteriovorus HD100
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	264462
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPGPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6494.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGGGCTTTAACGGGGCTTTAA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPGPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTAAAGCCCGTTAAAGCCCG

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.316 Å
晶胞边长 b length_b	34.223 Å
晶胞边长 c length_c	151.827 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	31.630 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2208
R_free r_free	0.2681

fit	/app/data/saxs_computation/ez/9ezz/9ezz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/9ezz/9ezz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/9ezz/9ezz.dat

Bacterial histone protein HBb from Bdellovibrio bacteriovorus bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)