9f0f

Coproporphyrin III - LmCpfC WT complex soaked with Fe2+ and anomalous densities

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f0f
沉积日期 deposition_date	2024-04-16
结构标题 title	Coproporphyrin III - LmCpfC WT complex soaked with Fe2+ and anomalous densities
关键词 keywords	metal insertion, porphyrins, Coproporphyrin ferrochelatase, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.73 Å
零角强度 I(0) i0	21548400.00
分子量 molecular_weight	36116.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45348 Å³
包络体积 envelope_volume	50972 Å³
水化壳体积 shell_volume	21500 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.38 Å
包络 Rg envelope_rg	20.07 Å
形状 Rg shape_rg	19.72 Å
总 Rg total_rg	20.61 Å
总原子数 total_atoms	2550
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6991
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Coproporphyrin III ferrochelatase
分子量 formula_weight	35503.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.99.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2663

MTKKVGLLVMAYGTPYKDEDIERYYTDIRHGHKPSEEMIADLRGRYHAIGGLSPLAKITEAQAYGLEKALNDSQDEVEFKAYIGLKHIEPFIEDAVEAMHKDGIEEAISIVLAPHYSSFSVEAYNKRAKEAADKLGGPRINAINDWYKQPKFIQMWADRINETAKQIPADELLDTVLIVSAHSLPEKIKQHNDPYPNQLQETADFIFEKVVVPHYALGWQSEGKTGEPWLGPDVQDLTRELYGREKYKHFIYTPVGFVAEHLEVLYDNDYECKVVTDEVGAAYHRPPMPNSDPEFLEVLRTVVWEKYSNL

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	coproporphyrin III
分子量 formula_weight	654.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.158 Å
晶胞边长 b length_b	67.730 Å
晶胞边长 c length_c	62.494 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	36.170 Å
R 因子 r_factor	0.1882
R_work r_work	0.1826
R_free r_free	0.2389

fit	/app/data/saxs_computation/f0/9f0f/9f0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/9f0f/9f0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/9f0f/9f0f.dat