9f0g

LmCpfC H182A variant in complex with iron coproporhyrin III

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f0g
沉积日期 deposition_date	2024-04-16
结构标题 title	LmCpfC H182A variant in complex with iron coproporhyrin III
关键词 keywords	Coproporphyrin ferrochelatase, porphyrin, Metal insertion, coproheme, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.88 Å
零角强度 I(0) i0	21505700.00
分子量 molecular_weight	36062.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45328 Å³
包络体积 envelope_volume	51510 Å³
水化壳体积 shell_volume	21630 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.44 Å
包络 Rg envelope_rg	20.18 Å
形状 Rg shape_rg	19.87 Å
总 Rg total_rg	20.78 Å
总原子数 total_atoms	2549
残基数 n_residues	309
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4574000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Coproporphyrin III ferrochelatase
分子量 formula_weight	35565.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.99.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2709

MTKKVGLLVMAYGTPYKDEDIERYYTDIRHGHKPSEEMIADLRGRYHAIGGLSPLAKITEAQAYGLEKALNDSQDEVEFKAYIGLKHIEPFIEDAVEAMHKDGIEEAISIVLAPHYSSFSVEAYNKRAKEAADKLGGPRINAINDWYKQPKFIQMWADRINETAKQIPADELLDTVLIVSAASLPEKIKQHNDPYPNQLQETADFIFEKVVVPHYALGWQSEGKTGEPWLGPDVQDLTRELYGREKYKHFIYTPVGFVAEHLEVLYDNDYECKVVTDEVGAAYHRPPMPNSDPEFLEVLRTVVWEKYSNLE

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX
分子量 formula_weight	708.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.534 Å
晶胞边长 b length_b	68.090 Å
晶胞边长 c length_c	63.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	36.610 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1716
R_free r_free	0.2188

fit	/app/data/saxs_computation/f0/9f0g/9f0g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/9f0g/9f0g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/9f0g/9f0g.dat

LmCpfC H182A variant in complex with iron coproporhyrin III

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction