9f0q

VIM-2 in complex with GKV53 (5d) - dynamically chiral phosphonic acid-type metallo-beta-lactamase inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f0q
沉积日期 deposition_date	2024-04-17
结构标题 title	VIM-2 in complex with GKV53 (5d) - dynamically chiral phosphonic acid-type metallo-beta-lactamase inhibitors
关键词 keywords	beta-lactamase, metallo-beta-lactamase, inhibitor, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.38 Å
零角强度 I(0) i0	83752100.00
分子量 molecular_weight	47452.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45490 Å³
包络体积 envelope_volume	74299 Å³
水化壳体积 shell_volume	24900 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.93 Å
包络 Rg envelope_rg	25.16 Å
形状 Rg shape_rg	25.35 Å
总 Rg total_rg	25.94 Å
总原子数 total_atoms	3576
残基数 n_residues	462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8930
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.357
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Metallo-beta-lactamase type 2
分子量 formula_weight	27351.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4099

MHHHHHHENLYFQGVDSSGEYPTVSEIPVGEVRLYQIADGVWSHIATQSFDGAVYPSNGLIVRDGDELLLIDTAWGAKNTAALLAEIEKQIGLPVTRAVSTHFHDDRVGGVDVLRAAGVATYASPSTRRLAEVEGNEIPTHSLEGLSSSGDAVRFGPVELFYPGAAHSTDNLVVYVPSASVLYGGCAIYELSRTSAGNVADADLAEWPTSIERIQQHYPEAQFVIPGHGLPGGLDLLKHTTNVVKAHTNRSVVE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	[(S)-(1-benzothiophen-3-ylcarbonylamino)-(2-hydroxyphenyl)methyl]phosphonic acid
分子量 formula_weight	363.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	[(R)-(1-benzothiophen-3-ylcarbonylamino)-(2-hydroxyphenyl)methyl]phosphonic acid
分子量 formula_weight	363.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	466

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.804 Å
晶胞边长 b length_b	79.021 Å
晶胞边长 c length_c	67.815 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	130.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	55.190 Å
R 因子 r_factor	0.1734
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2133

fit	/app/data/saxs_computation/f0/9f0q/9f0q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/9f0q/9f0q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/9f0q/9f0q.dat