9f0u

Structure of KPC-2 complexed with benzoxaborole AK-425

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f0u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f0u
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9f0u
沉积日期 deposition_date2024-04-17
最后修订 last_revision2025-04-30
结构标题 titleStructure of KPC-2 complexed with benzoxaborole AK-425
关键词 keywordsInhibitor, beta-lactamase, SBL, antibiotic resistance, boronate, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.74
零角强度 I(0) i015356400.00
分子量 molecular_weight29157.0 kDa
排除体积 excluded_volume36312 ų
包络体积 envelope_volume40384 ų
水化壳体积 shell_volume18785 ų
包络直径 envelope_diameter63.0
壳层 Rg shell_rg24.35
包络 Rg envelope_rg18.21
形状 Rg shape_rg17.74
总 Rg total_rg18.68
总原子数 total_atoms4060
残基数 n_residues270
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.8
Rg (实空间) rg_real18.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real1.5360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15360000.0000
解质量估计 total_estimate0.7992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.274
角度范围 angular_range— – 0.4200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4014000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)