9f23

DARPin eGFP complex DP2 (2G156)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f23
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
结构标题 title	DARPin eGFP complex DP2 (2G156)
关键词 keywords	DARPin, GFP, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.30 Å
零角强度 I(0) i0	102912000.00
分子量 molecular_weight	80755.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101450 Å³
包络体积 envelope_volume	122820 Å³
水化壳体积 shell_volume	35424 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.24 Å
包络 Rg envelope_rg	28.16 Å
形状 Rg shape_rg	28.31 Å
总 Rg total_rg	29.04 Å
总原子数 total_atoms	5682
残基数 n_residues	702
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Green fluorescent protein
分子量 formula_weight	27453.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6867

GPGSMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKQA

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DARPin DP2
分子量 formula_weight	13560.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPGSDLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNADDMFGITPLHLAAMVGHLEIVEVLLKHGADVNATDLLGHTPLHLAAIIGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[[(2S)-2-oxidanylpropoxy]methyl]-2-[[(2S)-2-[(2S)-2-oxidanylpropoxy]propoxy]methyl]propane-1,3-diol
分子量 formula_weight	310.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol
分子量 formula_weight	368.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	744

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.870 Å
晶胞边长 b length_b	95.160 Å
晶胞边长 c length_c	69.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	48.080 Å
R 因子 r_factor	0.1755
R_work r_work	0.1736
R_free r_free	0.2117

fit	/app/data/saxs_computation/f2/9f23/9f23.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/9f23/9f23.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/9f23/9f23.dat

DARPin eGFP complex DP2 (2G156)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)