SAXSdb — 9f3f

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f3f
沉积日期 deposition_date	2024-04-25
结构标题 title	Trypanosoma brucei nuclear cap-binding complex (CBC) bound to cap0
关键词 keywords	nuclear cap binding complex, CBC, cap0, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.26 Å
零角强度 I(0) i0	174811000.00
分子量 molecular_weight	106500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133780 Å³
包络体积 envelope_volume	158280 Å³
水化壳体积 shell_volume	43658 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.80 Å
包络 Rg envelope_rg	29.51 Å
形状 Rg shape_rg	29.26 Å
总 Rg total_rg	29.97 Å
总原子数 total_atoms	7496
残基数 n_residues	939
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.226
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.940

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear cap binding complex subunit CBP110
分子量 formula_weight	112342.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	7496

HHHHHHHHPPSGADPMYAMPGNSGDLQCDDGKKRHIPPLSLLLSGYGSSEGRELDTSYTPKQWLWFLYVTSWARPFFTYASSGGASEATEGSSDNRSGSAYWGRLSFDELLKLSGSPIPPAMVSLWMGLCMPTDDVVQELRIMTEGKAEGRQRIYPFLPRVAESTFGRALRSLAVRQHISSWMPSHAGDVCAALDVLVRDTLEVIQNSADVRKTARVRCEERDASGEEALEGAFRSMLSASTTAPKVVEATTYRPLFDVKASIPEGGTAQVLIRVANAARLFAALSVEAFGRVKSECAVLLLAHINQRDAPEHVDARAYGVVTGVVEYAMAYRYCRDDGTGRCPLTCAALLLHRLVELQGIVEKDTAAGDRCMGMAVSASRFANMTVACIQELLFCVVAGDTVRWHREHQPDGVSVCPTAARTLTLHETDCLLQVFIPALLQQVGFEWPWSESLRHAKMLDRARTQHIVMEDGVRLDSRSVFEELLVSVARRTYGLRLRAILPQSFDVIAENIFVSIHDVPNEGKSSGGNPEKVADNSSSRFALPLYYRTAGEVLLEYFDRCGPSGITAEETERVLRRATDVQPMVVQLQALGGDTNGGITDCVSYCGELSRTVYFSAREKERLLQRYRCEVLLASLVVYTQLRTVSVVQQLTRQLAPLFEQLLLPLAHERTLSRCPVIASRKGDGVDDNGTPLVDLTPEFKMLVDEIHYEFYPLEWVPEAVDAHIRQECGVREKEGAPYHEGGNGPPCFAQYSLFAAIAHQFGLVLEGNPRGFRGGDGSSSEVRTKAYRFFTLMLLNNLGDAVSSSCELDGAAALAATRRVKDCQDGSENCKQRQAAVRQRGGASFHSVVSACDVVVTMTQCLLPAHLSSHPRMATTGSMSNEWMRRVGEWTRSAYSKYTAYQQQVHGLDLPVPLISLYNSLTFDSVPLARETIRAVRSRLLEKMSVVTASPPGDVETAGKQLLEQHLSSLTVTLTAVGLLPLCVRGGSHVPCATQLLWASPFFSHELLHCGRYEVSV

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear cap-binding protein subunit 2
分子量 formula_weight	21292.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MAEYLIDLTPRMAYVDRHELLRSLLTEKEFIERRQEQLNKSTTVYVGNLSFYTTEDQIWEHFSRCGHIRDLVMGLSEVTRTPCGFCFVVFESQDGAMSAVIDLHGTLLDDRVITVSWDVGCDHTRRWGRGAHGGQVVDGVRQNLDSARGGLGVLRREELGVGAAVAEDQLVHYTWIPPRRVEKRGRS

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Nuclear cap binding complex subunit CBP30
分子量 formula_weight	30235.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MRRGSGFVHLNTPAAISYSPGQQVSLSDLRQKRRREECVVLPPIMTVWRSAFSQYTKMWGLTKFAGDIEAEREGEGPILPPIREETVVKSTTHSFKGKSTTVAAAVATPPGEKGIEIVSHHKLCGKQRFVYPDHDGVLSSGIVPKVVISKEEEEEMEANKKYYISPQEMTEEERNAFEELDAMWKSYARGRSEQGARHRAFAGTVTPGDAMTEVEEETGNNRGNARRRLESHTPRQHPQESAAEGNSVAHNTEEALDDALRLIDELLEFN

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	379.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	251312

fit	/app/data/saxs_computation/f3/9f3f/9f3f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/9f3f/9f3f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/9f3f/9f3f.dat

Trypanosoma brucei nuclear cap-binding complex (CBC) bound to cap0

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)