9f3x

CutC choline lyase in complex with cyclopropylcholine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 282.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f3x
沉积日期 deposition_date	2024-04-26
最后修订 last_revision	2024-05-08
结构标题 title	CutC choline lyase in complex with cyclopropylcholine
关键词 keywords	glycyl radical enzyme, choline, CutC, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.61 Å
零角强度 I(0) i0	7147470000.00
分子量 molecular_weight	713240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	890900 Å³
包络体积 envelope_volume	1226700 Å³
水化壳体积 shell_volume	142440 Å³
包络直径 envelope_diameter	249.9 Å
壳层 Rg shell_rg	67.81 Å
包络 Rg envelope_rg	72.27 Å
形状 Rg shape_rg	73.61 Å
总 Rg total_rg	73.51 Å
总原子数 total_atoms	50096
残基数 n_residues	6335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	282.9 Å
Rg (实空间) rg_real	78.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5260e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7126000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8549
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.640
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.037
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9626
最高正则化参数 α highest_alpha	240500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 0.849; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.747

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Choline trimethylamine-lyase
分子量 formula_weight	128347.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.99.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	50434

MGSSHHHHHHSQDHENLYFQGSMAHYNLTPRVKVLADRLLAQKSTLCTEHATTLNALDGDIAGVPAAVKPARRFYELMRQLPLTISTDELIVGNQTRKPHGAIFHDESAAHRPSAFQFLNLNSDLDSPDYKLVVEKGVLAIKHQLEEKTRALGSAVSRSGMDQVNGCRAAIYACDALLALAQNLANSAEQLAAAETNAYRKAELLDSAAILHHVPAHPARNFKEACQAFYLFQLALQLDNGSYAVNPQGADIALMPYFQRDINSGALNTQQAYEIVECLWFKLAELSEVRAACAIDGYPMLDAMLRGATFDNAEVNELSAMFISAQRNLSALNLPVRLFSGVQPVSHAPFAACADTPVMEGLTPRMQRLRNHYLTVRPSVSIYRALAFTEVVKANPGMPTILLRAKAFRHACETAPILIQDDELIVGHPCGKPRAGAFSPDIAWRWVRDELDTMSTRPQDPFEISEADKKTIREEIVPFWEGRSLDEICEAQYREAGVWAFSGETFVSDLSYHQINGGGDTCPGYDVLLFTKGMNGIKADAEAHLASLSMENPEDIDRIYYYKAAIETCEGVVNYARRIAAHARELAAKEQNAQRRAELLTIAEVNENVPANPPKTLQEALQSIWTVESLFEIEENQTGLSLGRVDQYCYPMFEADIREGRLTHDTALELLQAFIIKCAELMWMSSELGAKYFAGYQPFINLTVGGQKRSGGDACNDLTYLIMDAVRFVKVYQPSLACRIHNQSPQKYMEKIVDVVKAGMGFPACHFDDSHIKMMLRKGFDFEDARDYCLMGCVEPQKSGRIYQWTSTGYTQWPIAIEFVLNRGRMVLFDSYQGLDTGDLRDLRTFDEFDAAVKQQIAHIVRLSAIGTVISQRVHRDVAPKPLMSLLVEGCMESGKDVAAGGAMVNHGPGLIFSGLATYVDSMAAIRKLVFEEKKYTLEQIRDALLANFEGYEALRRDCLNAPKYGNDDNYVDQYALDITEWTEKECRKYKMLYSTLSHGTLSISNNTPIGELTNATPNGRLAWMPLSDGISPTQGADKQGPTAIIKSVSKMNVETMNIGMVHNFKFLKGLLDTPEGRHGLITLLRTASILGNGQMQFSYVDNEVLKKAQQEPEKYRDLIVRVAGYSAYFVELCKEVQDEIISRTVIEKF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	cyclopropylcholine
分子量 formula_weight	130.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	338

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	89.271 Å
晶胞边长 b length_b	119.656 Å
晶胞边长 c length_c	214.696 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.86 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.32 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	44.640 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2184
R_free r_free	0.2725

fit	/app/data/saxs_computation/f3/9f3x/9f3x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/9f3x/9f3x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/9f3x/9f3x.dat

CutC choline lyase in complex with cyclopropylcholine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction