9f5z

Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex III from respiratory supercomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 174.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f5z
沉积日期 deposition_date	2024-04-30
结构标题 title	Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex III from respiratory supercomplex
关键词 keywords	Mitochondria, respiratory complex, respiration, alga, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.04 Å
零角强度 I(0) i0	3060260000.00
分子量 molecular_weight	481560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	609300 Å³
包络体积 envelope_volume	864270 Å³
水化壳体积 shell_volume	128440 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.18 Å
包络 Rg envelope_rg	53.17 Å
形状 Rg shape_rg	54.04 Å
总 Rg total_rg	54.20 Å
总原子数 total_atoms	33916
残基数 n_residues	4196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3061000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8672
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	364700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.532

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42356.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1A,1B
原子数 atom_count	34454

MRMHNKIQLLSVLNTHLVAYPTPMNLNYSWNGGSLAGMMLASQMLTGILLAMHYVGHVDYAFASVQHLMTDVPSGMILRYAHANGASLFFIVVYLHVLRGMYYGSGAQPREIVWISGVVILLVMIITAFIGYVLPWGQMSFWGATVITSLATAIPVVGKHIMYWLWGGFSVDNPTLNRFYSFHYTLPFILAGLSVFHIAALHQYGSTNPLGVNSQSSLISFGSYFGAKDLVGALFLALVFSILVFFYPDLLGHPDNLIPANPYSTPQHIVPEWYFLWVYAILRSIPNKAMGVLAIGLVFASLFAMPFIGLGGGKFRIITEWLYWTFLADVLLLTWLGGNEITPITSFVGQCCTAYLFFYLLVCQPLVGYLETQFAHGTQTN

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	28545.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1C,1D

MALRRAVASFLPKLAGAAETLPAASHAASSFSQLICTPLDVVERQQQPSGFRSFASDAVEVFKPETGLTPTNRLSMAPTPYIKYDEHNHKRFPPGTEGRPFAYFVQTGGRFLYASAARLAVLKIVMSLSAAADTMALSSLEVDLSGVEEGTTITVKWRGKPVFIRHRTDAEIAQSAEVALSELRDPQKDVDRAINPKYLVVVGICTHLGCVPISGAGNYQGWFCPCHGSHYDISGRIREGPAPYNLEVPEYRFTEGQKVVIG

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	33868.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1E,1F

MRTSLLRSLGKGLGLCAEATSSRVAQQTMPAVAAMSTSASDAEPTSKAAHYAAALGGVMAGIFGASCVASANEAADGLHAPHYPWGHEGVLDSYDHAAIRRGHKVYQQVCAACHSMQYLHWRQLVGVCYTEEEAKALAAETEVEDGPNDEGEMFTREGRLFDAFPSPYANEQAARYANGGAYPPDLTLISGGRHNGPNYIFSLLTGYRDPPAGISIREGLYYNPYFPGGAIAMPKMLVDGGVEYEDGTPASASQQAKDITTFLAWASYPYQDEMRVMGIKACLMISILIGFAAYSKRLRWAPIKSQRIVMDVVN

Entity 4 polymer

描述 description	Complex III subunit 9
分子量 formula_weight	7040.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1G,1H

MVMRLSEALYQTFFKRSTVYIPMLLVGAYFSNEAIDYAVDKMWTTRNKGKLFSDIIAERT

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6
分子量 formula_weight	7991.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1I,1J

MVEYTEDDPKPQIEEDCKPHCVKEWAAYKACAERIKDDTTGQAHCSGQYFDFWKCVDHCAAPKIFAHLK

Entity 6 polymer

描述 description	Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
分子量 formula_weight	8679.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1K,1L

MAPRQNIPLREILYQLSPYQQDVIRQTFTNAPKTFLRFFKEKGVGLATFGVLFFGIKGYTEHEMHQERLAERY

Entity 7 polymer

描述 description	MPP-Beta
分子量 formula_weight	55121.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1M,1N

MRSLKQILRIGEASSLGLRAFGSAAKDVVATDANPFLRFSNPRPSPIDHTPLLSTLPETRITTLPNGLRVATEAIPFAETTTLGIWINSGSRFETDANNGVAHFLEHILFKGTKNRSVKELEVEVENMGGQLNAYTGREQTCYYAKVMGKDVGKAVNILSDILLNSNLDARAIDKERDVILREMEEVNKQTSELVFDHLHATAFQYSPLGRTILGPVENIKSINRDQLVEYMKTHYRGPRMVLAAAGAVNHDELVKLASDAFGSVPDEDAATSVRSLLVKEPSRFTGSYVHDRFPDASECCMAVAFKGASWTDPDSIPLMVMQTMLGGWDKNSTVGKHSSSALVQTVATEGLADAFMAFNTNYHDTGLFGVYGVTDRDRSEDFAYAIMSNLTRMCFEVRDADVARAKNQLKASLMFFQDSTHHVAESIGRELLVYGRRIPKAEMFARIDAVDANAIRAVADRFIYDQDMAVASAGDVQFVPDYNWFRRRSYWLRY

Entity 8 polymer

描述 description	Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
分子量 formula_weight	6476.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1O,1P

MPIGVWSVFQGYVTPARLPSIQTLTRVGAWGGVVVVGGLYMVQPWDWLAVQAGLKKEEK

Entity 9 polymer

描述 description	Alpha-MPP
分子量 formula_weight	49640.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1Q,1S

MLGSSTSQLAPAMVRSIASSAAASTAAPVLAAKSGGLLASVFGMGGGRVEVPLSEKLPAVTEPPRTSTPATKPIVQTSSLRSGVKVASINTVSPISSLVLFVEGGAAAETPATAGASKVLEVAAFKATANRSTFRLTRELEKIGATSFARAGRDHVAFGVDATRLNQLEALEILADAVVNARYTYWEVRDSLDAVKEQLAAQLRNPLTAVNEVLHRTAFEGGLGHSLVVDPSVVDGFTNETLKEYVHSIMAPSRVVLAASGVDHAELTALATPLLNLHGNAHPAPQSRYVGGAMNIIAPTSSLTYVGLAFEAKGGAGDIKSSAAASVVKALLDEARPTMPYQRKEHEVFTSVNPFAFAYKGTGLVGVVASGAPGKAGKVVDALTAKVQSLAKGVTDVQLATAKNMALGELRASVATAPGLAAAVGSSVLATGKFSANEVAAALSGLTAADVTSYVNAMIKTAPTFVTYGNLSSLPRVDSIAKRFA

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	14062.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1R,1T

MTSLLKQVALPVFNSLATTYRSVVGAKLAKYGLRFDDLQDPLKDEDVAEALRRLPPDVVVARNCRLRRALDLSCKHEALPKDLLEKQTPELSYLQDVLNEVRAERRERAQLGAPAPYTRIYYD

Entity 11 non-polymer

描述 description	2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE
分子量 formula_weight	522.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 13 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 14 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 15 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	538

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83443

fit	/app/data/saxs_computation/f5/9f5z/9f5z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f5/9f5z/9f5z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f5/9f5z/9f5z.dat

Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex III from respiratory supercomplex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)