9f61

Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV from respiratory supercomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 146.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f61
沉积日期 deposition_date	2024-04-30
结构标题 title	Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV from respiratory supercomplex
关键词 keywords	Mitochondria, respiratory complex, respiration, alga, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.46 Å
零角强度 I(0) i0	530867000.00
分子量 molecular_weight	201570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	257210 Å³
包络体积 envelope_volume	325910 Å³
水化壳体积 shell_volume	67556 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.62 Å
包络 Rg envelope_rg	40.69 Å
形状 Rg shape_rg	39.44 Å
总 Rg total_rg	39.89 Å
总原子数 total_atoms	14224
残基数 n_residues	1746
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	530800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8182
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.621
峰度 Kurtosis kurtosis	0.381
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.629; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.816

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	55194.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3A
原子数 atom_count	14224

MRWLYSTSHKDIGLLYLVFAFFGGLLGTSLSMLIRYELALPGRGLLDGNGQLYNVIITGHGIIMLLFMVMPALFGGFGNWLLPIMIGAPDMAFPRLNNISFWLNPPALALLLLSTLVEQGPGTGWTAYPPLSVQHSGTSVDLAILSLHLNGLSSILGAVNMLVTVAGLRAPGMKLLHMPLFVWAIALTAVLVILAVPVLAAALVMLLTDRNINTAYFCESGDLILYQHLFWFFGHPEVYILILPAFGIVSQVVSFFSQKPVFGLTGMICAMGAISLLGFIVWAHHMFTVGLDLDTVAYFTSATMIIAVPTGMKIFSWMATIYSGRVWFTTPMWFAVGFICLFTLGGVTGVVLANAGVDMLVHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFGIFAGVYFWGNLITGLGYHEGRAMVHFWLLFIGVNLTFFPQHFLGLAGMPRRMFDYADCFAGWNAVSSFGASISFISVIVFATTFQEAVRTVPRTATTLEWVLLATPAHHALSQVPVLRTASSH

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide II
分子量 formula_weight	30716.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3B

MLRQSGLSANKLFCSNLLQSQQKEGNKLVWNAMLFSSKAEGSAVQQVVASEGVAQAVPQFSSEAAAALAAKRRGLIGSGMSLAPSKPFAARGLTSAAKPAAAAAAGAAEAAQPADKYAGLKKVLKAAAALAAALGLTTTTAAADSPQPWQLLFQDTATSTAQAMIDLHHDIFFFLITVVTLVFYMMFQIITKFHYSKVLKPEKLTHHTTMEVIWTIIPTLIVVMIAIPSLTLIYSLDQHTERPGLTVKIIGRQWYWSYEMHDHLQHKLLDPDRLVGIAEKALVK

Entity 3 polymer

描述 description	cytochrome-c oxidase
分子量 formula_weight	17270.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3C

MSESKDQLKEKLKADPSFRAELKDRIKNALLSKVPASVPISYNFDSYMLTEVQPGQLRVLEVDERLVLPTNTLIRLLVTASDVLHSWAVPALGVKMDAVPGRLNQVWMSINREGVFYGQCSELCGANHSFMPIVVEAISPRQFLTEYVKKWIS

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	41453.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3D

MRSQLLRFLTRAPAGFSQEGLQALRAGLTSGEASGLLQSSAFGRQNESAAPRGLGFGKMALPLSFQGHLMSTLASANGDDKKEPTTGALAQQPQVPNALAALPPRGTRTMGSHAAGHQTAKEFYMEHIGKRHPFHVLPPSPWPMLAGWGTYVSCLGMAAWFHNMPTGGALMAFGMANIAWTAITWWRDCAIEGDMGMHTEVVRKNFISGMWAFIVSEALLFVGLLWACLHLGMSPSVALQMQWPPVGIEPIGWDKRALVMSAVLAASYYSANVAMVAKDPKVVMGALATTIGLGAMFLADQYLEYNETPFTITDSPYGTTFFVTTGFHGMHVLLGSLYLTAALMMYKRTHNAGAALKSSILYWHFVDIVWIAVYGIIYVGQY

Entity 5 polymer

描述 description	Cox5b
分子量 formula_weight	19051.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3E

MNRLGALSGLLARAARTCSRRWATAASGVPAELSAVGIVGQEFAAQARSLHTSLTTCQGAPAEAKPSALSAEPPRKYRPLGDKELWHEAWMYEDKFGTEEDPIIVPSLEAERIIGVTDPEDETLVVWGILKDGEPPRQFVENGEFYVLKHVEYIKKVGDVLEAIEGGADKAKIAK

Entity 6 polymer

描述 description	Cox5c
分子量 formula_weight	10886.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3F

MSQAPATAASKAVYAPSEYFKYGEGASKHFGFAKHVAIAMTVGLGLSFAWKTWHWNEKRYIAQYYADMARREAREDAARKSALADKYKQLEEELLS

Entity 7 polymer

描述 description	Cox6a
分子量 formula_weight	13985.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3G

MQALRRAVSTAMPGFRRASTTAGETIDKYWAPYFPKPAVTADEAKKSVNKEMVGFMLLGPVGVAFMLYDFAVGLEEEHHVTIPPYPWMRIRRLPGMPWGQDGLFEGHPRVATTWPPEEGAADSHH

Entity 8 polymer

描述 description	Cox6b
分子量 formula_weight	17277.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3H

MGLFNYFVARADAEVVEEEHAPPPPPPPPKKSSRKPTLESLSADELEELKNEVVSEVVDKIAGEDGTKLADFLEPELITAPYDPRFPNRNQARHCFVRFNEYYKCLYERGEEHPRCQFYQKAYQSLCPSEWVESWQELREKGLWTGKY

Entity 9 polymer

描述 description	Cox7c
分子量 formula_weight	11356.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3I

MSSALRRLSQQAPRLTRGLKTGNVTKGGAEKYSHEEVVYGDGHHGLRKGYTYDFEHGPHYLQPEKIPNFWSKFYAGTGALYAVGLGVPLFAVWWQQSKLKA

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit
分子量 formula_weight	11694.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3J

MARAQIERWAAEHPTAPRVGRIFEVPLGYVVPRVAAGIAAAGCLWYMNNTFLQTYRPESLSKEFLEEQAKIGEVAQRMNAPPVYLNPFTNRIPGSILGPEDAKPE

Entity 11 polymer

描述 description	Cox7a
分子量 formula_weight	6532.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3K

MFPSRALKAAADSYKATDFTNPKYNYFFRELTARVQGVLLTGGSLYGTWLVVFGEAQR

Entity 12 polymer

描述 description	CoxIn
分子量 formula_weight	9905.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3L

MPLPFKLPLDAYILMLPITYASAAFVAMCCRVPTADPETSSIAYYEDEQKSAAAAQRYDNSFKQFFDARIRNHKVGVFQNWMPNSPQ

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
分子量 formula_weight	751.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.55 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83443

fit	/app/data/saxs_computation/f6/9f61/9f61.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/9f61/9f61.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/9f61/9f61.dat

Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex IV from respiratory supercomplex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)