9f8e

SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 strain, SLCT11)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f8e
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 strain, SLCT11)
关键词 keywords	S-layer, SlpA, C. difficile, SLLP, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.50 Å
零角强度 I(0) i0	236423000.00
分子量 molecular_weight	122570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152910 Å³
包络体积 envelope_volume	202150 Å³
水化壳体积 shell_volume	46049 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.67 Å
包络 Rg envelope_rg	35.97 Å
形状 Rg shape_rg	36.49 Å
总 Rg total_rg	36.93 Å
总原子数 total_atoms	8618
残基数 n_residues	1153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	236400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8963
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.207
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.521
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	S-layer protein
分子量 formula_weight	19528.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8635

AASDVISLQDGTNDKYTVSNTKASDLVKDILAAQNLTTGAVILNKDTKVTFYDANEKDSSTPTGDKKVYSEQTLTTANGNEDYVKTTLKNLDAGEYAIIDLTYNNAKTVEIKVVAASEKTVVVSSDAKNSAKDIAEKYVFEDKDLENALKTINASDFSKTDSYYQVVLYPKGKRLQGFS

Entity 2 polymer

描述 description	S-layer protein
分子量 formula_weight	42843.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

TYRATNYNEGTAYGNTPVILTLKSTSKSNLKTAVEELQKLNASYSNTTTLAGDDRIQTAIEISKEYYNNDGEKSDHSADVKENVKNVVLVGANALVDGLVAAPLAAEKDAPLLLTSKDKLDSSVKSEIKRVLDLKTSTEVTGKTVYIAGGVNSVSKEVVTELESMGLKVERFSGDDRYETSLKIADEIGLDNDKAYVVGGTGLADAMSIASVASTKLDGNGVVDRTNGHATPIVVVDGKADKISDDLDSFLGSADVDIIGGFASVSEKMEEAISDATGKGVTRVKGDDRQDTNSEVIKTYYANDTEIAKAAVLDKDSGASSSDAGVFNFYVAKDGSTKEDQLVDALAVGAVAGYKLAPVVLATDSLSSDQSVAISKVVGEKYSKDLTQVGQGIANSVINKIKDLLDM

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.612 Å
晶胞边长 b length_b	73.374 Å
晶胞边长 c length_c	90.799 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.64 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.080 Å
R 因子 r_factor	0.1813
R_work r_work	0.1785
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/f8/9f8e/9f8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/9f8e/9f8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/9f8e/9f8e.dat

SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 strain, SLCT11)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)