9f8g

Photostatin (photoswitchable azo-combretastatin) Z-PST27 bound to tubulin-DARPin D1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f8g
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
最后修订 last_revision	2024-09-04
结构标题 title	Photostatin (photoswitchable azo-combretastatin) Z-PST27 bound to tubulin-DARPin D1 complex
关键词 keywords	tubulin polymerisation inhibitor, microtubule dynamics, antimitotics, photopharmacology, photoswitch, sensitisation, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.21 Å
零角强度 I(0) i0	206979000.00
分子量 molecular_weight	113310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140520 Å³
包络体积 envelope_volume	169380 Å³
水化壳体积 shell_volume	42942 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.07 Å
包络 Rg envelope_rg	34.72 Å
形状 Rg shape_rg	34.21 Å
总 Rg total_rg	34.54 Å
总原子数 total_atoms	15567
残基数 n_residues	1017
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	206900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5995
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.636
峰度 Kurtosis kurtosis	0.043
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.656; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.805

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16551

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Bos taurus

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-2B chain
分子量 formula_weight	49999.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Bos taurus

Entity 3 polymer

描述 description	Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
分子量 formula_weight	18068.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNATDASGLTPLHLAATYGHLEIVEVLLKHGADVNAIDIMGSTPLHLAALIGHLEIVEVLLKHGADVNAVDTWGDTPLHLAAIMGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia phage EcSzw-2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	5-[(~{Z})-(3,5-diethyl-4-methoxy-phenyl)diazenyl]-2-methyl-phenol
分子量 formula_weight	298.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.460 Å
晶胞边长 b length_b	91.115 Å
晶胞边长 c length_c	82.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	44.620 Å
R 因子 r_factor	0.1883
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2256

fit	/app/data/saxs_computation/f8/9f8g/9f8g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/9f8g/9f8g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/9f8g/9f8g.dat

Photostatin (photoswitchable azo-combretastatin) Z-PST27 bound to tubulin-DARPin D1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)