9f8x

Low-dose structure of Marinobacter nauticus nitrous oxide reductase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 169.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f8x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f8x
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9f8x
沉积日期 deposition_date2024-05-07
最后修订 last_revision2024-06-19
结构标题 titleLow-dose structure of Marinobacter nauticus nitrous oxide reductase
关键词 keywordsNitrogen cycle nitrous oxide N2O reductase denitrification copper-containing enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.37
零角强度 I(0) i01030950000.00
分子量 molecular_weight259870.0 kDa
排除体积 excluded_volume321410 ų
包络体积 envelope_volume396860 ų
水化壳体积 shell_volume68285 ų
包络直径 envelope_diameter179.9
壳层 Rg shell_rg50.73
包络 Rg envelope_rg49.95
形状 Rg shape_rg50.40
总 Rg total_rg50.30
总原子数 total_atoms18171
残基数 n_residues2288
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax169.0
Rg (实空间) rg_real50.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.93
I(0) (实空间) i0_real1.0310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1030000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7865
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.2
偏度 Skewness skewness0.491
峰度 Kurtosis kurtosis-0.541
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha111500000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.745; Smooth: 0.414

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)