9f9p

CryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 200.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f9p
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
结构标题 title	CryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit
关键词 keywords	Proteasome, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.74 Å
零角强度 I(0) i0	6836430000.00
分子量 molecular_weight	691370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	862340 Å³
包络体积 envelope_volume	1306700 Å³
水化壳体积 shell_volume	173020 Å³
包络直径 envelope_diameter	199.4 Å
壳层 Rg shell_rg	68.73 Å
包络 Rg envelope_rg	58.48 Å
形状 Rg shape_rg	60.73 Å
总 Rg total_rg	60.90 Å
总原子数 total_atoms	48522
残基数 n_residues	6272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.1 Å
Rg (实空间) rg_real	60.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2990e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6842000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	77.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1208000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.839

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	29876.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,O
原子数 atom_count	49596

MSRTGFDKYITVFSPEGSLYQVEYAFKAVTYAGLLTVAIRCKDAVLVFTQHNVPDRLMRPDTITSLHNINKDIGTCITGRAPDGKSLVQKARQEASEYKYRYGSPIPVSVLAKRVADMAQVRTQHAGLRLMGVVMTFLGMEQNDADGSWVPQIYCVDPAGWCGSYHACAIGKKQIEANAFLEKKQKNAPFHTLSQKDAAMIALAALQSALGASLKATDVEVGRCSVEDHCFRRVPDEDVEEWLTALAEADAENLYFQSHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	25080.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,P

MSESAYGLTTFSPSGRLVQIEYATTAASKGTTALGVKAMDGVVIAAEKKTTSPLAASLTVQKVFVLDDHVGCTYSGIGPDCRVLVDAARKACQKYRLTYHEPMPVSQLVRHISSLYQEFTQSGGVRPFGCSLLVAGADSQGNHLYQVDPSGTFWAWKATSIGKGSTDAKTFLEKRYTNEMEIEDAVHTALLTLKEGFDGTMTAENTQVGRVSEGKFELFTVDQLKDYLDQI

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	31997.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,Q

MSSRYDSRTTTFSPEGRLYQVEYAEEAISQAGTVIGILTTGGVVLGAEKGVQNSLFDSENMEDKNISGEKMYKIASHIGCSVAGVTSDAYALLNYARLSANRHHYTYQEPMAAEDLCRLLCDEKQLYTQYGGVRPFGVSFLLAGWDRHHGYQLYHTDTSGNYNAWRAYAIGQNDQVAQSLLKRDWKPELTLDEGIVLCLRVLGKTMDTVKLSAERLEVAVLHKVPAPATQKLLEPYGVLPKTVPEFKILRETDLKPLIAEADRQREAEEAAEAEKEKKKEQKLTSS

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	28109.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,R

MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVRKGLCAVGVRGKDSIIFAVEKKSVQKLQDSRTIRKIYKLDEHIYLAFAGLSADARVLVNHAQLECQRFRLNYEDAVDVDLLVRYVAKVQQKSTQSSGSRPYGVSTIIGGFNENGQPHLWKTDPSGMSSAWRAVAIGRNDKTVLEFMEKSYQENMTRDQCVHFAIKALLEAVESGSKNIELVVLENKKALYMGDDELRKFVVEVEKEREEEAARKRRLAEEE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27163.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,S

MFSSKTEYDRGVNTFSPEGRIFQIEYAIEAIKLGSTSLGIQTPDAVVIAAEKRVPSVLVDPSSMNKILEIDYHMGTVLSGMVADARILVEHARVEAQNHRFTYDEPMRVESCALATCDLSVRFGESGGRKKLMSRPFGVSLLIAGVDENGPQLWQTDPSGTYTRYDAQAIGAGAEAAQTVFNEIYHRNMTVEEAETLAVRILKQVMEEELTKSNIEIAIVPASTGKLEVYDQTKIQRIIDRLTEE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	29400.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,T

MFKNQYDTNTTTWSPTGRLFQVEYANEAVNNGSAAVGTKNKDFVVLTALKRSPVAQFSSYQEKVFKLDDHVGMAIAGLVADGRMLARFVRTECMNYRYMHDSDNPLPLIAEIVGEKYQRHIQFAGKRPFGVGLLIAGYDSTGPHLYHTVPSGDVFDFKATAMGLRSQAARTYLEKHFESFPDCGLDELIMHALKALAAATSGGAELNIKNTTIAIVGKGTPFMVLTEEAARKYLDGFKMRPEDIPPAPEAEEEETLQERSLDVEE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	Putative proteasome alpha 7 subunit
分子量 formula_weight	25643.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,U

MSGTEHDQSTDIFSADGRVFQVEYACKAVDNGSTAVAACCTDGVVVAVEKILTSRMLEEGSNDRIHAVDRQAGVCICGMLPDGRAVVSRARAEAENSRDVFATPIPGSVLASRIGEFMHVYTTHYAYRPFGCSVIIASYADDGPQLFVSDPSGTVAGYYGIALGKGKTVAKTELEKLNFKSITCDEAVVKLTKILHDVHDKSKDKLYELEVAWVCNKSNCVFQHVPNDMIPKPPASQ

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	30778.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,V

MIKRPEGALLHEPSCPMEIKHELTFNGPAQSAKKLFEPEAAVLDPQLNEAVSLGTTIMAVAFKGGVVLAADSRTSTGTYVVNRASNKLTKLAEKIYCCRSGSAADTQALAEQTANYLESYEIDTSKPVNVTTAANIFKKLCYMNKWNISAGIIVAGYDPLNGGSVYSIPSGGSCVKLDYALGGSGSIFLYSFFDANYKTGMSKEECVCFCQRAVAHAYSRDGSSGGLIRTIALHQGEPEDMTIPWTKTPYCMEKDPKYRDLAVQNPPFSSSAKITVNQSRSERI

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 9 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	32086.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,W

MCVVSVEKNCNNSKFNLVLRAYSIVKKEEEKKGRPRIMPGFSFANVQRNLNLQRQGLQPPKTLKTGTTIVGVVYKEGVVLGADTRATEGSIVADKRCKKIHYMAPNIMCCGAGTAADTEAVTNMVSANLALHRLDTGKQSRVHEALTMLKRHLYRYQGHVSAALVLGGVDVEGPFLATVAPHGSTDRLPFVSMGSGSIAAMSALETGYKENMTLEEAKELVASAIRKGIFNDPYSGTQVDLCVITKTKTELLIGYDKPNERKYPKQEIRFPPGTTPVLREEIRRLVTITDVE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 10 polymer

描述 description	Putative proteasome beta 3 subunit
分子量 formula_weight	22424.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,X

MSILTYSGGSCLAMAGDGCFVIVSDNRLGEQLKTISMEVPKLHVINESIVLGLTGLRTDQQTFSEKVRFRNELYKLREEREIGGKAFAALVSSMLYEARFGPWFVEPVIASIDKRTGEVYLCAMDLIGAPCEPEDYVCAGTCAESLHGMCEALWRPGLGPEELFEVAAQAMLSACDRDSLSGYGAVAAIVTRDKMTTRLINGRKD

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 11 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	22745.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,Y

MSETTIAFRCNGFVLVAAAGLNAFYYIKIMDTEDKVTQLDSHKVVACAGENGPRVNFVEYIKCNMALKRMREHGRVIRTSAAASFMRNALAGALRSRDGAYLVNCLLAGYDVAASSDDDIATGPHLYYMDYLGTMQEVPYGCHGYGASFVIAMLDRLWRPDLTAQEAVDLMQKCCDEVKKRVVISNDKFICKAVTENGVEIVNTVS

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 12 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	34977.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Z

MIADFESVLRTDFSLDDCPRIGPFTWHNVPGLDGSDEGDEWDAPMLSSYGSIETRPRRNDDFRVIPSTGEMLTEDPLSTSNRLQTDMRMWKLMKTCPVPRSVPKLDMKKGTTTLGFHFDGGIILAVDSRASSGQYISSQTVMKVLEINEYLLGTMAGGAADCQYWERVLGMECRLWELRNNCRISVAAASKILANITYSYRNYGLSMGTMVAGWDQFGPSLYYVDDKGTRVKHELFSVGSGSIYAYGVLDQGYRKNLTVEEACELARRSIFHATYRDGASGGIVTVYHVHQGGWTQISRDDQTKLYDRYVL

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 13 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	27832.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,a

MIEDHMEYGHHFPRKLADSTLSLPRQGVKEQQWSPYADNGGTIAAIAGKNYVILGGDTRLNGDFCIHTRDDRTKLFQLTEHTFLASTGMQADRLQLQQMLKYRIQWYQYNNGGKLPSTKAIAKLTSTMLYQRRFFPYYTFNMVVGLDEKGAGVCYSYDPVGSTEPFRYGTSGSASSFVEPLMDCLLTRQHMVQQAPAELSMTETLEMLKNAFTGAAERDIFTGDAVCFHIITADGIRSELFELRND

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 14 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	24222.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,b

MASGGSVIGVKYNGGVLLACDTLLSYGSLAKWPNIPRMKLVGAYTVMCATGDYADFQEMTTMIENHVNRQQMYGGGALTPNEVFCYLQRHVYHKRSQFEPCLCRFVVAGCHGGEPFLGGVDDVGTRWTDDCVAAGYGAYVALPLLRQALEKPGGLTREEAIRVIKDCLRVLFYRECRAINKFQIADATSDMVSIGEPFEVETNWEYDGFCFEKTAIIR

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1074

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	196.680 Å
R 因子 r_factor	0.2613
R_work r_work	0.2613
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92013

fit	/app/data/saxs_computation/f9/9f9p/9f9p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/9f9p/9f9p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/9f9p/9f9p.dat

CryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)