9f9t

CryoEM structure of native Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 194.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f9t
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
结构标题 title	CryoEM structure of native Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit
关键词 keywords	Proteasome, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.89 Å
零角强度 I(0) i0	6822940000.00
分子量 molecular_weight	690920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	861860 Å³
包络体积 envelope_volume	1264800 Å³
水化壳体积 shell_volume	169380 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.1 Å
壳层 Rg shell_rg	68.03 Å
包络 Rg envelope_rg	57.83 Å
形状 Rg shape_rg	59.89 Å
总 Rg total_rg	60.06 Å
总原子数 total_atoms	48492
残基数 n_residues	6266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.3 Å
Rg (实空间) rg_real	59.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4460e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6828000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7969
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	975200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27542.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,O
原子数 atom_count	49724

MSRTGFDKYITVFSPEGSLYQVEYAFKAVTYAGLLTVAIRCKDAVLVFTQHNVPDRLMRPDTITSLHNINKDIGTCITGRAPDGKSLVQKARQEASEYKYRYGSPIPVSVLAKRVADMAQVRTQHAGLRLMGVVMTFLGMEQNDADGSWVPQIYCVDPAGWCGSYHACAIGKKQIEANAFLEKKQKNAPFHTLSQKDAAMIALAALQSALGASLKATDVEVGRCSVEDHCFRRVPDEDVEEWLTALAEAD

Entity 2 polymer

描述 description	Proteasome 20S B subunit
分子量 formula_weight	31708.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,P

MFSAGRIHYRLFLLLGGICLARKGYYKISKIEIYIHIHILCVCVVCFATIIFFFFCAMSESAYGLTTFSPSGRLVQIEYATTAASKGTTALGVKAMDGVVIAAEKKTTSPLAASLTVQKVFVLDDHVGCTYSGIGPDCRVLVDAARKACQKYRLTYHEPMPVSQLVRHISSLYQEFTQSGGVRPFGCSLLVAGADSQGNHLYQVDPSGTFWAWKATSIGKGSTDAKTFLEKRYTNEMEIEDAVHTALLTLKEGFDGTMTAENTQVGRVSEGKFELFTVDQLKDYLDQI

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	31997.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,Q

MSSRYDSRTTTFSPEGRLYQVEYAEEAISQAGTVIGILTTGGVVLGAEKGVQNSLFDSENMEDKNISGEKMYKIASHIGCSVAGVTSDAYALLNYARLSANRHHYTYQEPMAAEDLCRLLCDEKQLYTQYGGVRPFGVSFLLAGWDRHHGYQLYHTDTSGNYNAWRAYAIGQNDQVAQSLLKRDWKPELTLDEGIVLCLRVLGKTMDTVKLSAERLEVAVLHKVPAPATQKLLEPYGVLPKTVPEFKILRETDLKPLIAEADRQREAEEAAEAEKEKKKEQKLTSS

Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	28109.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,R

MSYDRAITVFSPDGHLFQVEYAQEAVRKGLCAVGVRGKDSIIFAVEKKSVQKLQDSRTIRKIYKLDEHIYLAFAGLSADARVLVNHAQLECQRFRLNYEDAVDVDLLVRYVAKVQQKSTQSSGSRPYGVSTIIGGFNENGQPHLWKTDPSGMSSAWRAVAIGRNDKTVLEFMEKSYQENMTRDQCVHFAIKALLEAVESGSKNIELVVLENKKALYMGDDELRKFVVEVEKEREEEAARKRRLAEEE

Entity 5 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27163.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,S

MFSSKTEYDRGVNTFSPEGRIFQIEYAIEAIKLGSTSLGIQTPDAVVIAAEKRVPSVLVDPSSMNKILEIDYHMGTVLSGMVADARILVEHARVEAQNHRFTYDEPMRVESCALATCDLSVRFGESGGRKKLMSRPFGVSLLIAGVDENGPQLWQTDPSGTYTRYDAQAIGAGAEAAQTVFNEIYHRNMTVEEAETLAVRILKQVMEEELTKSNIEIAIVPASTGKLEVYDQTKIQRIIDRLTEE

Entity 6 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	29400.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,T

MFKNQYDTNTTTWSPTGRLFQVEYANEAVNNGSAAVGTKNKDFVVLTALKRSPVAQFSSYQEKVFKLDDHVGMAIAGLVADGRMLARFVRTECMNYRYMHDSDNPLPLIAEIVGEKYQRHIQFAGKRPFGVGLLIAGYDSTGPHLYHTVPSGDVFDFKATAMGLRSQAARTYLEKHFESFPDCGLDELIMHALKALAAATSGGAELNIKNTTIAIVGKGTPFMVLTEEAARKYLDGFKMRPEDIPPAPEAEEEETLQERSLDVEE

Entity 7 polymer

描述 description	Putative proteasome alpha 7 subunit
分子量 formula_weight	25643.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,U

MSGTEHDQSTDIFSADGRVFQVEYACKAVDNGSTAVAACCTDGVVVAVEKILTSRMLEEGSNDRIHAVDRQAGVCICGMLPDGRAVVSRARAEAENSRDVFATPIPGSVLASRIGEFMHVYTTHYAYRPFGCSVIIASYADDGPQLFVSDPSGTVAGYYGIALGKGKTVAKTELEKLNFKSITCDEAVVKLTKILHDVHDKSKDKLYELEVAWVCNKSNCVFQHVPNDMIPKPPASQ

Entity 8 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	30778.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,V

MIKRPEGALLHEPSCPMEIKHELTFNGPAQSAKKLFEPEAAVLDPQLNEAVSLGTTIMAVAFKGGVVLAADSRTSTGTYVVNRASNKLTKLAEKIYCCRSGSAADTQALAEQTANYLESYEIDTSKPVNVTTAANIFKKLCYMNKWNISAGIIVAGYDPLNGGSVYSIPSGGSCVKLDYALGGSGSIFLYSFFDANYKTGMSKEECVCFCQRAVAHAYSRDGSSGGLIRTIALHQGEPEDMTIPWTKTPYCMEKDPKYRDLAVQNPPFSSSAKITVNQSRSERI

Entity 9 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	32086.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,W

MCVVSVEKNCNNSKFNLVLRAYSIVKKEEEKKGRPRIMPGFSFANVQRNLNLQRQGLQPPKTLKTGTTIVGVVYKEGVVLGADTRATEGSIVADKRCKKIHYMAPNIMCCGAGTAADTEAVTNMVSANLALHRLDTGKQSRVHEALTMLKRHLYRYQGHVSAALVLGGVDVEGPFLATVAPHGSTDRLPFVSMGSGSIAAMSALETGYKENMTLEEAKELVASAIRKGIFNDPYSGTQVDLCVITKTKTELLIGYDKPNERKYPKQEIRFPPGTTPVLREEIRRLVTITDVE

Entity 10 polymer

描述 description	Putative proteasome beta 3 subunit
分子量 formula_weight	22424.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,X

MSILTYSGGSCLAMAGDGCFVIVSDNRLGEQLKTISMEVPKLHVINESIVLGLTGLRTDQQTFSEKVRFRNELYKLREEREIGGKAFAALVSSMLYEARFGPWFVEPVIASIDKRTGEVYLCAMDLIGAPCEPEDYVCAGTCAESLHGMCEALWRPGLGPEELFEVAAQAMLSACDRDSLSGYGAVAAIVTRDKMTTRLINGRKD

Entity 11 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	22745.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,Y

MSETTIAFRCNGFVLVAAAGLNAFYYIKIMDTEDKVTQLDSHKVVACAGENGPRVNFVEYIKCNMALKRMREHGRVIRTSAAASFMRNALAGALRSRDGAYLVNCLLAGYDVAASSDDDIATGPHLYYMDYLGTMQEVPYGCHGYGASFVIAMLDRLWRPDLTAQEAVDLMQKCCDEVKKRVVISNDKFICKAVTENGVEIVNTVS

Entity 12 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	34989.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Z

MIADFESVLRTDFSLDDCPRIGPFTWHNVPGLDGSDEGDEWDAPMLSSYGSIEIRPRRNDDFRVIPSTGEMLTEDPLSTSNRLQTDMRMWKLMKTCPVPRSVPKLDMKKGTTTLGFHFDGGIILAVDSRASSGQYISSQTVMKVLEINEYLLGTMAGGAADCQYWERVLGMECRLWELRNNCRISVAAASKILANITYSYRNYGLSMGTMVAGWDQFGPSLYYVDDKGTRVKHELFSVGSGSIYAYGVLDQGYRKNLTVEEACELARRSIFHATYRDGASGGIVTVYHVHQGGWTQISRDDQTKLYDRYVL

Entity 13 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	27832.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,a

MIEDHMEYGHHFPRKLADSTLSLPRQGVKEQQWSPYADNGGTIAAIAGKNYVILGGDTRLNGDFCIHTRDDRTKLFQLTEHTFLASTGMQADRLQLQQMLKYRIQWYQYNNGGKLPSTKAIAKLTSTMLYQRRFFPYYTFNMVVGLDEKGAGVCYSYDPVGSTEPFRYGTSGSASSFVEPLMDCLLTRQHMVQQAPAELSMTETLEMLKNAFTGAAERDIFTGDAVCFHIITADGIRSELFELRND

Entity 14 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	24222.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,b

MASGGSVIGVKYNGGVLLACDTLLSYGSLAKWPNIPRMKLVGAYTVMCATGDYADFQEMTTMIENHVNRQQMYGGGALTPNEVFCYLQRHVYHKRSQFEPCLCRFVVAGCHGGEPFLGGVDDVGTRWTDDCVAAGYGAYVALPLLRQALEKPGGLTREEAIRVIKDCLRVLFYRECRAINKFQIADATSDMVSIGEPFEVETNWEYDGFCFEKTAIIR

Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1232

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	175.560 Å
R 因子 r_factor	0.2912
R_work r_work	0.2912
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.31 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50663

fit	/app/data/saxs_computation/f9/9f9t/9f9t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/9f9t/9f9t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/9f9t/9f9t.dat

CryoEM structure of native Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)