9f9v

Crystal structure of 892_05174 from Planctomycetota strain 892

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f9v
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
最后修订 last_revision	2025-01-08
结构标题 title	Crystal structure of 892_05174 from Planctomycetota strain 892
关键词 keywords	Fucoidan, endo-fucoidanase, endo-fuconase, GH168, glycosyl hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.23 Å
零角强度 I(0) i0	111132000.00
分子量 molecular_weight	82460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102750 Å³
包络体积 envelope_volume	124360 Å³
水化壳体积 shell_volume	36045 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.11 Å
包络 Rg envelope_rg	28.02 Å
形状 Rg shape_rg	28.22 Å
总 Rg total_rg	29.01 Å
总原子数 total_atoms	11290
残基数 n_residues	720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9100
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.953

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative secreted protein
分子量 formula_weight	42627.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11673

GSGMPAFSWDTVPVYLHFGSPTKMTNEQVQTAARLSNFICLEKAHGRTTDREHPERIAAEDAQRIKTANPDAKVLMYWNTLIAWPFTSYNSDFAETHPENWTLRDRSTGEPLLKAMHGSTPVYQYNLLNPDVRKWWADTIGGAVNEFNFDGVFMDAVSQSKRPLWLQKGWGLDKADELDAAAVDMMRQTKAIIGNNRLLIYNGFRSKSGGPDNNAAAGTEFLPYSDGAQIEHFDQLSSITKEDMVAYWKMAATAAKDNKIVLYKAWPDHDINWLNRKFMSQSPAKKEAFAREKITYPLACYLIGAEENSYFCYGWGYGIDDGQLVDYPEYRKPLGAPKSRARRTGWIFRREFEHANVAVDLENRKARIQWLRD

来源 Source

来源生物 organism	Rhodopirellula
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	265488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	209.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	362

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.390 Å
晶胞边长 b length_b	62.110 Å
晶胞边长 c length_c	66.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	68.83 °
晶胞夹角 β angle_beta	88.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	78.92 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.570 Å
最低分辨率 resolution_low	43.520 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2329

fit	/app/data/saxs_computation/f9/9f9v/9f9v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/9f9v/9f9v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/9f9v/9f9v.dat

Crystal structure of 892_05174 from Planctomycetota strain 892

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction