9faf

Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9faf
沉积日期 deposition_date	2024-05-10
结构标题 title	Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid
关键词 keywords	fiber knob, complex, sialic acid, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.46 Å
零角强度 I(0) i0	59821900.00
分子量 molecular_weight	62263.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78580 Å³
包络体积 envelope_volume	89452 Å³
水化壳体积 shell_volume	31405 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.76 Å
包络 Rg envelope_rg	22.82 Å
形状 Rg shape_rg	22.43 Å
总 Rg total_rg	23.46 Å
总原子数 total_atoms	4395
残基数 n_residues	553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9043
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.048
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fiber
分子量 formula_weight	40164.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4865

MSKRLRVEDDFNPVYPYGYARNQNIPFLTPPFVSSDGFQNFPPGVLSLKLADPIAIANGNVSLKVGGGLTVEQQSGKLSVDTKAPLQVANDNKLELSYDDPFKVENNKLGIKAGHGLAVVTKENTSLPSLVGTLVVLTGKGIGTGSSAHGGTIDVRLGEGGGLSFDEKGDLVAWDKKNDTRTLWTTPDPSPNCKVETARDSKLTLALTKCGSQILATVSLLVVTGKYAIISDTVNPKQFSIKLLFNDKGVLLSDSNLDGTYWNYRSNNNNIGTPYKEAVGFMPSTTAYPKPTNNTSTDPDKKVSQGKNKIVSNIYLGGEVYQPGFIVVKFNQETDANCAYSITFDFGWGKVYKDPIPYDTSSFTFSYIAQE

来源 Source

来源生物 organism	Human adenovirus 36
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	46936
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid
分子量 formula_weight	365.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	411

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.457 Å
晶胞边长 b length_b	99.164 Å
晶胞边长 c length_c	110.987 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	48.426 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.1839

fit	/app/data/saxs_computation/fa/9faf/9faf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/9faf/9faf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/9faf/9faf.dat