9fcg

;Medicago truncatula 5'-ProFAR isomerase (HISN3) D57N mutant in complex with PrFAR ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fcg
沉积日期 deposition_date	2024-05-15
最后修订 last_revision	2024-09-04
结构标题 title	;Medicago truncatula 5'-ProFAR isomerase (HISN3) D57N mutant in complex with PrFAR ;
关键词 keywords	Complex, product, side-product, BBM II isomerase, histidine biosynthesis, hisA, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.01 Å
零角强度 I(0) i0	14766500.00
分子量 molecular_weight	29056.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36447 Å³
包络体积 envelope_volume	40270 Å³
水化壳体积 shell_volume	19100 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.94 Å
包络 Rg envelope_rg	17.36 Å
形状 Rg shape_rg	16.99 Å
总 Rg total_rg	18.10 Å
总原子数 total_atoms	2036
残基数 n_residues	257
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8984
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.480
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4376000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.971

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase, chloroplastic
分子量 formula_weight	29710.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.16
突变 mutation	D57N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2381

SNASPPSIQCSVQFRPCINIHKGKVKQIVGSTLKDLKDDDGSDPITNFESDKSAAEYATLYKQDGLKGGHVIMLGADPFSKAASLEALHAYPGGLQVGGGINSDNCLSYIEEGASHVIVTSYVFNNGQMDLERLKDLVRIVGKERLVLDLSCRKKEGKYAIVTDRWQKFSDVSLDAKVMEFLANFADEFLVHGVDVEGKKLGIDEELVALLGKHSPIPVTYAGGVTVMDDLERIRTAGMDNVDVTVGSALDIFGGNLAYKDVVAWHNQQKVSVA

来源 Source

来源生物 organism	Medicago truncatula
通用名 common_name	barrel medic
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3880
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-[4-AMINOCARBONYL-5-[[(Z)-[(3R,4R)-3,4-DIHYDROXY-2-OXO-5-PHOSPHONOOXY-PENTYL]IMINOMETHYL]AMINO]IMIDAZOL-1-YL]-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	577.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	304

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.790 Å
晶胞边长 b length_b	87.790 Å
晶胞边长 c length_c	35.633 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	35.630 Å
R 因子 r_factor	0.1748
R_work r_work	0.1741
R_free r_free	0.1984

fit	/app/data/saxs_computation/fc/9fcg/9fcg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fc/9fcg/9fcg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fc/9fcg/9fcg.dat