9fcy

CysG(N-16)-R21K mutant in complex with SAH from Kitasatospora cystarginea

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fcy
沉积日期 deposition_date	2024-05-16
结构标题 title	CysG(N-16)-R21K mutant in complex with SAH from Kitasatospora cystarginea
关键词 keywords	;Natural Product Biosynthesis, Enzyme Mechanism, Metal Ion interaction, Molecular Docking, Structure Function Relationships, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.43 Å
零角强度 I(0) i0	148605000.00
分子量 molecular_weight	94775.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117910 Å³
包络体积 envelope_volume	159230 Å³
水化壳体积 shell_volume	40696 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.11 Å
包络 Rg envelope_rg	30.36 Å
形状 Rg shape_rg	31.41 Å
总 Rg total_rg	32.26 Å
总原子数 total_atoms	6682
残基数 n_residues	846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	148600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8749
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.052
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.737
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.430

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	SAM-dependent methyltransferase
分子量 formula_weight	23900.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7035

GSTYDALKRQLIPSFDLLYGSAVSVVAMSVPATARILDLGAGTGLLGAALRERLPDAELLLQDRSQAMLEQARQRFADDDQVAIRVADHLDELPAGPFDAVVSALSIHHLEHQDKQDLFTRIRKILRPGGIFVNVEQVLAPTSELEKMYDRQHEAHVLASDTPAEEWAAGRERMKHDIPIDVETQIQWLRDAGFTTADCLAKDWRFATYAGWNGS

来源 Source

来源生物 organism	Kitasatospora cystarginea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	58350
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.970 Å
晶胞边长 b length_b	106.170 Å
晶胞边长 c length_c	99.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1510
R_work r_work	0.1487
R_free r_free	0.1961

fit	/app/data/saxs_computation/fc/9fcy/9fcy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fc/9fcy/9fcy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fc/9fcy/9fcy.dat

CysG(N-16)-R21K mutant in complex with SAH from Kitasatospora cystarginea

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction