9fdl

;Crystal structure of the catalytic domain of an AA9 lytic polysaccharide monooxygenase from Thermothelomyces thermophilus (TtLPMO9F) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fdl
沉积日期 deposition_date	2024-05-17
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	;Crystal structure of the catalytic domain of an AA9 lytic polysaccharide monooxygenase from Thermothelomyces thermophilus (TtLPMO9F) ;
关键词 keywords	LPMO, AA9, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.02 Å
零角强度 I(0) i0	91988300.00
分子量 molecular_weight	72677.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89660 Å³
包络体积 envelope_volume	107790 Å³
水化壳体积 shell_volume	32169 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.19 Å
包络 Rg envelope_rg	27.91 Å
形状 Rg shape_rg	27.99 Å
总 Rg total_rg	28.76 Å
总原子数 total_atoms	5115
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.932

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 61 protein
分子量 formula_weight	24149.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5488

HAIFQRVSVNGQDQGQLKGVRAPSSNSPIQNVNDANMACNANIVYHDNTIIKVPAGARVGAWWQHVIGGPQGANDPDNPIAASHKGPIQVYLAKVDNAATASPSGLKWFKVAERGLNNGVWAVDELIANNGWHYFDLPSCVAPGQYLMRVELLALHSASSPGGAQFYMGCAQIEVTGSGTNSGSDFVSFPGAYSANDPGILLSIYDSSGKPNNGGRSYPIPGPRPISCSG

来源 Source

来源生物 organism	Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573729
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.891 Å
晶胞边长 b length_b	112.293 Å
晶胞边长 c length_c	262.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	131.536 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1623
R_free r_free	0.2041

fit	/app/data/saxs_computation/fd/9fdl/9fdl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fd/9fdl/9fdl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fd/9fdl/9fdl.dat