9ff4

The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-17bp dsDNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ff4
沉积日期 deposition_date	2024-05-22
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-17bp dsDNA complex
关键词 keywords	ScoC, Global regulator, Geobacillus kaustophilus, DNA binding protein, Tetramer, DNA bending, Hpr; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.98 Å
零角强度 I(0) i0	344013000.00
分子量 molecular_weight	128190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150680 Å³
包络体积 envelope_volume	220660 Å³
水化壳体积 shell_volume	49408 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.64 Å
包络 Rg envelope_rg	38.13 Å
形状 Rg shape_rg	37.83 Å
总 Rg total_rg	38.66 Å
总原子数 total_atoms	8862
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	344000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.151
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.710
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.770

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional regulator Hpr
分子量 formula_weight	24585.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A,D
原子数 atom_count	8911

MKATEQHYSIKEAMLFSQRIAQLSKALWKSIEKDWQRWIKPFDLNINEHHILWIAYHFKGASISEIAKFGVMHVSTAFNFSKKLEEKGLLSFSKKQDDKRNTYIELTEKGEEVLMKLMETYDPTKNAVFNGALPLRELYGKFPEILEMMCIVRNIYGDDFMEIFERAFENIKEDFIEQDGKLVKRKPKTEEHEKELASQANHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus kaustophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1462
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPAPTPAPAPAPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5532.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,M,G,K

TAATAAAATAAAAAAATC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPTPTPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5491.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,F,J,N

AGATTTTTTTATTTTATT

Entity 4 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.634 Å
晶胞边长 b length_b	70.546 Å
晶胞边长 c length_c	95.468 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.77 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	60.91 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.480 Å
R 因子 r_factor	0.2312
R_work r_work	0.2282
R_free r_free	0.2931

fit	/app/data/saxs_computation/ff/9ff4/9ff4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/9ff4/9ff4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/9ff4/9ff4.dat

The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-17bp dsDNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)