9ff5

The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 165.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ff5
沉积日期 deposition_date	2024-05-22
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex
关键词 keywords	ScoC, Global regulator, Geobacillus kaustophilus, DNA binding protein, Tetramer, DNA bending, Hpr; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.75 Å
零角强度 I(0) i0	299651000.00
分子量 molecular_weight	121240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143410 Å³
包络体积 envelope_volume	225880 Å³
水化壳体积 shell_volume	48760 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.94 Å
包络 Rg envelope_rg	43.55 Å
形状 Rg shape_rg	40.57 Å
总 Rg total_rg	41.38 Å
总原子数 total_atoms	8400
残基数 n_residues	833
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	299500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5389
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.652
峰度 Kurtosis kurtosis	0.230
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.540; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.005; Positv: 1.000; Valcen: 0.630; Smooth: 0.737

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPAPTPTPAPTPTPAPAPCPAPAPAPAPTPAPAPTPAPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	7053.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,E,F
原子数 atom_count	8400

AATATTATTAACAAAATAATATT

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPAPTPTPAPTPTPTPTPGPTPTPAPAPTPAPAPTPAPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	7057.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,H

AATATTATTTTGTTAATAATATT

Entity 3 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional regulator Hpr
分子量 formula_weight	24585.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A,D

MKATEQHYSIKEAMLFSQRIAQLSKALWKSIEKDWQRWIKPFDLNINEHHILWIAYHFKGASISEIAKFGVMHVSTAFNFSKKLEEKGLLSFSKKQDDKRNTYIELTEKGEEVLMKLMETYDPTKNAVFNGALPLRELYGKFPEILEMMCIVRNIYGDDFMEIFERAFENIKEDFIEQDGKLVKRKPKTEEHEKELASQANHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus kaustophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1462
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPAPTPAPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2424.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AATATATT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.205 Å
晶胞边长 b length_b	100.147 Å
晶胞边长 c length_c	96.606 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	42.680 Å
R 因子 r_factor	0.2353
R_work r_work	0.2331
R_free r_free	0.2824

fit	/app/data/saxs_computation/ff/9ff5/9ff5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/9ff5/9ff5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/9ff5/9ff5.dat

The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)