9fhl

High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 245.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fhl
沉积日期 deposition_date	2024-05-27
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA
关键词 keywords	30S, ribosome, Translation, Saccharolobus solfataricus; TRANSLATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	71.17 Å
零角强度 I(0) i0	22779000000.00
分子量 molecular_weight	933340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1025000 Å³
包络体积 envelope_volume	1542800 Å³
水化壳体积 shell_volume	177240 Å³
包络直径 envelope_diameter	252.7 Å
壳层 Rg shell_rg	71.40 Å
包络 Rg envelope_rg	70.98 Å
形状 Rg shape_rg	71.25 Å
总 Rg total_rg	71.00 Å
总原子数 total_atoms	63501
残基数 n_residues	5362
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	245.8 Å
Rg (实空间) rg_real	69.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2780e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1470e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22750000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8427
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.426
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	1601000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.664

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (39)

Entity 1 polymer

描述 description	rRNA 16S Sso
分子量 formula_weight	486417.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	64047

AAAUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACCGCUAUCGGGGUGGGGCUAAGCCAUGGGAGUCGUACGCUCCCGGGCAAGGGAGCGUGGCGGACGGCUGAGUAACACGUGGCUAACCUACCCUGAGGAGGGAGAUAACCCCGGGAAACUGGGGAUAAUCUCCCAUAGGCGAGGAGUCCUGGAACGGUUCCUCGCUGAAAGGCUCAUGGGCUAUUCCCCGCUCAUGAGCGCCUCAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGGGGGGUAAGGGCCCCCCAAGCCUAUAACGGGUAGGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCCCAGUUGGGCACUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACGUCCCCAAUGCGCGGAAGCGUGAGGGCGCCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUCUACAAAGGCGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGGUCGGGACUCUUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCGACAAGUCACUCCUUAAAGACCCCGGCUCAACCGGGGGAAUGGGGGUGAUACUGUCGGGCUAGGGGGCGGGAGAGGCCAGCGGUACUCCCGGAGUAGGGGCGAAAUCCUCAGAUCUCGGGAGGACCACCAGUGGCGAAAGCGGCUGGCUAGAACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGCAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCCGGCUGUAAACAAUGCAGGCUAGGUGUCACAUGGGCUUAGAGCCCAUGUGGUGCCGCAGGGAAGCCGUUAAGCCUGCNGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACCACAAGGGGUGGAACCUGCGGCUCAAUUGGAGXCAACGCCUGGAAUCUUACUAGGGGAGACCGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCUGACUCGCGGAGAGGAGGUGCAUGGCCGUCGCCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCACCACUAGUUGGUAUCCUGGUCUCCGGGCCGGGACCACACUAGUGGGACUGCCGGCGUAAGCCGGAGGAGGGAGGGGGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCGAAACCCCUGGGCCGCACGCGGGUUACAAUGGCAGGGACAGCGGGAUUCCGACCCCGAAAGGGGAAGGUAAUCCCUUAAACCCUGCCGCAGUUGGGAUCGAGGGCUGAAACUCGCCCUCGUGAACGAGGAAUCCCUAGUAACCGCAGAUCAACAAUCUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCGCUCCACCCGAGUAGGAGAGGGGUGAGGCCCCUUGCCUUUGGGUGGGGGGUCGAGCUUCUCUCCUGCAAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGNNGUAGGGGAANNUGCGGCUGGAUCACCUCC

Entity 2 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS1
分子量 formula_weight	23581.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSAKGGAIKDKWKMKKWYSVITPKAFGEVSLGSTPAYDITQTIGRRVETTLYDLTGDFSQVYVHLYFKIIGNEGDRLITRFVGHELSRDYLRSLIRRKSSKINSIFDVTTKDGYVVRVKGLVLTTYKCHQSQKTAIRKIINETVSKKASELSFDDFTQEVVFGRLANEIFEAAKKIYPLRKAEIEKTKVLKVPENLGKQVESSSVSSG

Entity 3 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS2
分子量 formula_weight	26043.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKVTNLSEKEERGGELTEAEKEELRKSEKGAIIELLVPVDTYLSAGVHIGTHSCTKYMESFVYRVRAEGLYVLDVRKIDERLRIAAKFLSRYDPQDIIVVASRPYAYRPVQKFAEVVGSRALVGRIIPGTFTNPYLSTYIEPKVLLVSDPRTDTQAIKEAAKVGIPIVAFADTDAKIDYIDLIIPANNKGRKSLALLYWALARQILRERRVIPPDGDLAVPVSEFEMRLVQ

Entity 4 polymer

描述 description	Small zinc finger protein HVO-2753-like zinc-binding pocket domain-containing protein
分子量 formula_weight	7352.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSVKLSIREEVEPPICSSCGKIIHPREKGVEFYCPNCGEVLIRRDHMCRKQGAEYICPNCGFKGP

Entity 5 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS4
分子量 formula_weight	20784.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGDPKKSRKKWETPGHPWIKERIGYEQELLGKYGLRNKREIWIAQSIIRKFRHQARSLLALPPAERAVREKQLVGKLLKMGLLKKETATVDDILSLTEQDLLERRLQTIVYKKGLSNTIYQARQLITHGHIAVNGKRVTSPGYIVNVDEENLIDYYVTSSFKSRPPVMSQQEGGEIGVKQA

Entity 6 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS4
分子量 formula_weight	27564.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAHITRFEAPWFLMISKKQYKWTVRPNAGPHSIEKSIPLAVVIRDYLKLAGTIREAKHIIFDGKVLVDGKVRKDYKYPVGLMDIVSIPSADLYFRVLPDNVRFMRFSKISADEARYKYVRIINKTTIKEGRIQLNLEDGRNILVDKETAKNFKTLMTLKIELPSQQILDSFTISERSYAIFVGGRNVGIHGIVKNINLSKFKSRKYSVITLESRDGNTYQTNIMNVMSIGREKSDLRVD

Entity 7 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS5
分子量 formula_weight	23718.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAEEVPSLNIEEWKPRTSIGSLVKEGKISSIKELFDRNLPITEPEIVDVLLPKLKYEVVDIKVVQKQTDAGEISRYKVLVIMGNMDGYVSIGTGKAKQLRVAIQKAIRDAKMNIIPVRRGCGSWQCTCGEPHSLPFKVVGKAGSVEVDLLPAPKGTGLVVGSVLKTLLTYAGIKDAWSTTKGETRTTENFVRAGYSALYNTYKFVTLQDWVRKR

Entity 8 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS6
分子量 formula_weight	23757.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPDFKIVISDPQSVEPKRIKVKVKASDQVKSITGEKDGKAVPQAKVNEKTKQLLNVDTLLTLEITKQEGDKKVKVKGHFKVDVDNSVPDNEVWISKTMAEKFGAEDFEAFAYRTKTLQISVDQNKATNLVGLKIGDVFEANQLIGLPVKLKITGGSDNSGFPMRFDVIGAAKRKILLSGPPGFYPNENGERRRKTIRGNTISQEIVQINTIIVR

Entity 9 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS7
分子量 formula_weight	22035.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSLENLQLDIKVFGKWDTKVEIRDPSLKKYISLMPVYLPHTGGRHEHRRFGKAKVPIVERLINQIMRPGRNKGKKHLAYNIVKLAFDIIYLKTGQNPIQVLVRAIENSAPREEVTRIMYGGIVYYVAVDVSPQRRIDLALRHIATGAKDASFNNPKPIEEVLAEEIIAAANNDSKSFAIKRKEEIERIALSSR

Entity 10 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS8
分子量 formula_weight	15083.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MVFVNPLANALTSIYNNEMRRNKQAIIMPASKLVINVLRVMQKEGYVGEFEYIDDGRWGKITVQLLGRVNKCGPITPRYPLSYRQMIALPDYVRRYLPSKEIGIIIVSTSKGVMSHKEAARLRIGGVALGYVY

Entity 11 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS8
分子量 formula_weight	14686.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MGFYQGPDNRKITGGLKGKHRDKRKYEIGNPPTFTTLSAEDIRIKDRTLGGNFKVRLKYTTTANVLDPATNTAKKVKILEILETPANKELARRGIIIRGAKIRTEAGLAVVTSRPGQDGVINAVLLKNESQRS

Entity 12 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS9
分子量 formula_weight	15732.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSEEQKLVISSARRKTARATCYIYAGKGRVFVNNVPIELIPIEMVRLKIMEPLLLAGNDIRSKIDAKIITYGGGIMGQADAARMALARALVKFTGSKELEKIYRAYDRTMLAGDPRQTESEKWMRYSARRWRQKSYR

Entity 13 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS10
分子量 formula_weight	12133.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MPTKARIRLWSTNVENLNYVITQIRGIVEKTGIEMRGPIPLPTSKLEVPIMRLPHGEGRKKWEKWEMRVHKRLIDIAADERVMRQLMRVRVPEDVYIEIQLI

Entity 14 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS11
分子量 formula_weight	14065.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSSRREIRWGIAHIYASQNNTLLTISDLTGAEIISRASGGMVVKADREKSSPYAAMLAANKAASDALEKGIMALHIKVRAPGGYGSKTPGPGAQPAIRALARAGFIIGRIEDVTPIPHDTIRRPGGRRGRRV

Entity 15 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS12
分子量 formula_weight	16381.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MVKSKSPKGIYAARKLRLKRLKFRRSQRKYKTKILKLKEKYDPLGGAPMARGIVLEKVGIESRQPNSAVRKCVRVQLVRNGRVVTAFVPGDGGVNFIDEHDEVIITGIGGTLGRSMGDLPGVRYKVIMVNGVSLDALYKGKKQKPVR

Entity 16 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS13
分子量 formula_weight	18662.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSQQFKYVVRIFGQDVDGTMKLPYALAMVKGIGYNTAKAIIRKLGMDPNARLGELSDAEVKKVESVISDHTIKGLPSWLYNRRKDYESGLDLHLVTSDLIFYVRNDIEREKKSRSWRGVRHSLGLKVRGQRTRTTGRTGMTIGVARKKAAQPQSQQSSSQQQKSS

Entity 17 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS14
分子量 formula_weight	6416.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MGKYKPPAERKYGKGVQSCQRCGSKDSVIQKYGIYLCRQCFREVAYELGFRKYW

Entity 18 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS15
分子量 formula_weight	17475.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MNKRRAKGKSHSIRPARAGAPKWVRLTREEVEMLVEELAKRGYTPSMIGIILRDQYGIPLVKQIVGKKVTQILEERGLAPQIPEDLFNLIRKAVNVRRHINEYPRDKTAKKGLEEIESKIRRLTRYYKGIGKLPQEWVYDPAKAELLVAGAS

Entity 19 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS17
分子量 formula_weight	12987.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MVSKGKTVKDPGIPNITIPEKVCEDEDCPYHGSLRVRGITLEGVIVKYRGTKAAVIERQYLYYDSKYKRYERRRSRIHAHVPPCINVREGDKVIIGECRPLSKSISFVVLGKVS

Entity 20 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS17
分子量 formula_weight	9647.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MGNIYTKDIKRIVKEIYDRYKDEIKDDYNTNKQIVIRYVDVKSKKVRNRIAGYLTRYYKIMKEKETSPAEEKEEISEEI

Entity 21 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS19
分子量 formula_weight	16399.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MSLEIPPEWKNFKYRGKSIDELLNMPMDEFIKLLPSRQRRSLKRGFTDAQRHLLEKVRKYRREGKFNKTIKTHVRNLVILPELIGLKMAVYNGKEFVEFTVTPEMIGHYLGEYSITTKKVEHGEPGLKATRSSLFLAMKG

Entity 22 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS19
分子量 formula_weight	18149.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MSLIMITAEMVPPDLLIKRLAIYLKENVKTVDPPEWALLAKTASFKERVPDNAEDWWYIRAASLLRKLYVNSIIGIEKTRTIYGGRKRRGTRPEKFVKAPGHVNRLIFQQLEKAGLVQKIKNKGRSLSPKGRSLLDKLALEIFKELAENNTSLKVYLE

Entity 23 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS24
分子量 formula_weight	13122.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MESQAKVKISDKAEGIIERDMQNSVIGRREISLKVYHMGSGTPSRKDIIKAIIQALGSQENLVVVRKISTSYGAGISNVKLHIYKSREILEKVEPKYLLDRDAGTKQKKGGSKGGQGAKG

Entity 24 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS27
分子量 formula_weight	7396.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MMRKLRVLIPEPKSRFLRVKCPNCGNEQTIFSHATFPVRCLSCGTELVYSMGGKAKIVGEVVRIMG

Entity 25 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS28
分子量 formula_weight	9393.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSEKTQQSQGSSIIEEFGFPAEVIQILDRTGVTGEVTQVRVRVLEGRDKGRILTRNVKGPVRVGDILILRETEREARKITTKR

Entity 26 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS31
分子量 formula_weight	8703.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MLELNKRKEEAKVAKEQKVKAIVRTYYVIEGNKVKLKNKKCPRCGSIMAHHLKPNERWSCGKCGYTEFIGASKKR

Entity 27 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS3
分子量 formula_weight	25862.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MPNIKRYFLEKSIVKVKIDEYLAKQYYNAEYAGVEVLKTPIGTRVIIYAGRPSMIIGRGGRNIKQLAQIFEKVFGLENPQITITNVENPELNARVMAFRLAIALEKGYHFRRAAFISMRRIMNAGALGAEIIISGKLTTERARYEKLKEGIVYKSGQQLEKMIDRAIAIAMLKPGIFGVEVVITKPLKIEDKINLKESPSVPQEVSVTNVTFIEESSQKSEEKSEGEKE

Entity 28 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein eL8
分子量 formula_weight	13757.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MSKASYVKFEVPQDLADKVLEAVRKAKESGKIKKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVQPEEIVAHLPLLCDEKKIPYVYVSSKKALGEACGLQVATASAAILEPGEAKDLVDEIIKRVNEIKGKTSS

Entity 29 polymer

描述 description	aS34
分子量 formula_weight	8210.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MSIKNRGSNAYGHLGWLTVYCRICNRKLIIGTDILYKCPKCEKKYSAYFCEADKRGLKGKCPYCGTELVPIL

Entity 30 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein eS25
分子量 formula_weight	12372.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MGGASKKPISTMEKRLKKEAEKQQKAEEKKKGPSKTGKEIISRAVTIDEETKKKVLDEIKKESIITPYALATKSGISISVARKILKELENQNVVKLYSKNRRLEIYIAAS

Entity 31 polymer

描述 description	VapB-type antitoxin
分子量 formula_weight	8392.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MEMLKIKLSSGREVEINDDTIAVLNEYVRTQMTLEELSKRLGLSGWEEAYELIKQVPAWVMWSPLPIYKKLA

Entity 32 polymer

描述 description	LSU ribosomal protein S30E (Rps30E)
分子量 formula_weight	6064.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MPSHGSLTKAGKVRSQTPKIQPKEKHKEVPRVRNRKEYEKRVVKARQQAPAR

Entity 33 polymer

描述 description	mRNA_Map
分子量 formula_weight	5039.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	5

XUGACUGAGGAUGAA

Entity 34 polymer

描述 description	mRNA_Map
分子量 formula_weight	4960.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	s

AUGACUGAGGAUGAA

Entity 35 polymer

描述 description	Initiator tRNA Met
分子量 formula_weight	24801.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	4

AGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGAUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCUACCA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 36 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	59

Entity 37 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

Entity 38 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 39 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	515

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	766000

fit	/app/data/saxs_computation/fh/9fhl/9fhl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fh/9fhl/9fhl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fh/9fhl/9fhl.dat

High-resolution cryo-EM structure of Saccharolobus solfataricus 30S ribosomal subunit bound to mRNA and initiator tRNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (39)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 polymer

聚合体 Polymer

Entity 31 polymer

聚合体 Polymer

Entity 32 polymer

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