9fi8

SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 179.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fi8
沉积日期 deposition_date	2024-05-28
结构标题 title	SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
关键词 keywords	Complex, translation, rRNA, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.59 Å
零角强度 I(0) i0	5988820000.00
分子量 molecular_weight	587210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	708430 Å³
包络体积 envelope_volume	1145000 Å³
水化壳体积 shell_volume	159320 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.1 Å
壳层 Rg shell_rg	66.54 Å
包络 Rg envelope_rg	54.82 Å
形状 Rg shape_rg	55.60 Å
总 Rg total_rg	55.79 Å
总原子数 total_atoms	40969
残基数 n_residues	4640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1060e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5993000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1211000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.876

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein mS29,mS29(DAP3)
分子量 formula_weight	57324.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HA
原子数 atom_count	40969

VGVEDVGRFRLFDRHRLVELLPEGLAGELSRDVEMIPSATSPIGVMLRKATLELQMQLELFARVHAKSSADTRGETPLPRKRKETRKDGERDAREKKKDEGKDKDGGVGGRGLEEIGSRRSEDEWRERLSELRPFDARLAAVQRGFLLDGHRGVGKSCVLNYLIPWARENNWLVVYEPLPSRYAREIGDIKRSSAGVYIQSSFSQEFLERLGRFNRRLLEELPVARRCYGQAALDGVHRLYAERSYHSLLEKALEKDLDEIREQRDEELKRGSPHSGKDADLLDSQLREEILLARERLALWHTYRREVSIPSMKSRLPNPASVWEIAEFGLQNEAFATQALYEVWEQLKKQTQLNVLIAVDEWNECFPVSEYVSMRYEGTRFNGHIPAFHLSTPRLLSRFDDAQQFQRGLKICATSWRRSNRRDYRPDLLGVRQEEIRTVRNFSPLEFANFVAYYHKKKILHEFPREKLDYFYMLSGGNGFQARRLLASLYGG

Entity 2 polymer

描述 description	Ribosomal protein S9, putative
分子量 formula_weight	17637.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HB

SSDSALISGAIVRAFNPERMKVFMHNGCEWLWQAEGTGTRKRAAAHVIIRRGTGQVRVNNDEDLYVRWPFYYNRMDVLQPFFLTGTAGIYDLFIHVRGGGSSGQAGAVRLAVGRALVSACPACARLLEEDMVLYEDTRQRMPKMPGRMKARKMRTW

Entity 3 polymer

描述 description	uS10m
分子量 formula_weight	26630.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HC

ALSAYSLRSLIVTYNSRNRSSMNATIENLKNALRWTSPSESSSPSSAPSSAPSSAPSSSWSPPWPVPRRVGRRQWRVTYLKSPFKYKYALRHYVFEDHRYAFAFYDVNSVQEVVSAALGAMAGETCCSCRFSWRFAGRPPVSLPTPPRLVPSSRAASLLSSRSSSEDGEVSREPVEGGEKTSGVKKAPHLATVLRGHCPTDKEFIRRALEEEQAVERIRKKLDKKQLQWFPGKTPWAP

Entity 4 polymer

描述 description	Ribosomal protein S14, putative
分子量 formula_weight	12011.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HD

LNPPPIAFPSFNRRCQKDWLARRAFAENEVNGRIYKNVYQNLGFKGPIPILNKVGQYRIRMRCISGGYSRGIFRFTRMARMGMLQLAREGWLKKYGYRPGLF

Entity 5 polymer

描述 description	mS157
分子量 formula_weight	18921.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HE

ARRVGGIGRRCFLTLHCSACSFFFQTSDAIKLILTQQHHILRKKGETRFLSGASGDAVHLESVGASNEAQGNRPSSSSSPSSSGGTRDKGVSRRVVAAAASSAASKFSLLPLADASLLLKRRGALVLRSLHGDPLVGSRRQRGEFAPQAPTAEMAKMLNKSCVPCPRCKREGRWEEG

Entity 6 polymer

描述 description	DNA double-strand break repair rad50 ATPase
分子量 formula_weight	40243.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HF

YITSANFSEPVELLSLAEDLHKAEIYTQTTEKLEKQWPAAGGVAKGIQGDQFFDVMAAAVREDLQDQSRPVLVNELTDHENPYCMKREALRRLVLHACTRNCLDETLTDTLLDRRADLQRLRSKARLPPEVLEPLAAFVGITRFSFDRRARLNQKVTAVQHALRQISLDGVNTAELAEGQDEPTMDAEKVEAVLSVLPENFPSDALHPHHPFRNHFGFESSVPYGVVGSISMGKGRKKIEKELARLRYPTLQRVAHSLPKDLKYRESVAHAIRVLERSRGWDFESKVKAVNALVEVWNRLAPGRTYEKILNHAFPVFRGRGMVKKTRSRAAVFNKGLKYIRSLTTQKPLHARLQ

Entity 7 polymer

描述 description	mS149
分子量 formula_weight	10301.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HG

PAERLHSLFARADVLAHLLHSRLALPLLYPLNSGGALTNPLNSAASPDSPAALNSIATSRWKREEVMSALATVTPLVLAATSVSRFLKTAHALSYFA

Entity 8 polymer

描述 description	ms158
分子量 formula_weight	10757.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HH

PEAPQPPAGLHWSWWELYVKGVNPEYPPRQRMFAFLTAQGVDVLEMEIREIEDVTRWLEMSNVYGEKFPRFPYDVTFQDKIEALKEKYPL

Entity 9 polymer

描述 description	mS151
分子量 formula_weight	17023.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HI

AFRYRREGQFTKFRVHFDRSGFRPYIDELKWEIMDWHYKRAMGPQMKKTLMSYQEGSEKLQYMHDLIALGTAKAKFPHATKRFFFVPALPVTIPYRRSSNPFCLLSANKTGWLQWSPKQRVPFPQPLGKRKVGGTDPQPPVFPK

Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S5, putative
分子量 formula_weight	49936.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HJ

LQELESFVGSALRTYRLLRPHALPFYKEDSLLSMQSKLNEATLKHSPLVHDLVELKKRNLSVPSDLLPPDFNALQFSLPVVSARGFLLALSAAANSVAEDLEFLCRRLSVPNLPHPTHPFRLKLLLDALFESFKLRKDPHYAHDWAQRNWPRLQAAMPEPLSELSADSVGLWLKAHLERVIENQRGRHADGRGRLLAQKFPLKSDEEDLYSLADDFIFDHEIVDEQFCDERLSQFPIDKAGELFRRVADFFGLTKGPQPAVNDAVVAQFQNLVYTLDEIGLSNWMKMDTREIEEFLPEGDPPSFAASQQDLDAARLLLKAAARGKANLLDFEALDPYKLLHGFDFKTVQEELATLPPNPFLTDADIDELFDITTAAVSMNQSEVAPSASLRNFKAKFGRTPLEALLDSEEKFLTSAGPVDWLKDEDENGEAFVSWRWKRPA

Entity 11 polymer

描述 description	mS155
分子量 formula_weight	14861.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HK

EEDDSVYRQFACMRRVREEPRLRTALESFKVASKNATKTRGRAWSVYEGWPPRSRVRVGDEYSKVGPLQRRAFVFNRVDGTGRRREPTLAFCCGNKPVLLLSEAEFEALVKKLPWIKHEMAEFKKLL

Entity 12 polymer

描述 description	mS159
分子量 formula_weight	9367.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HL

RQAKKQTKLAAKNARKMKESKGLLLEGKKTALCMNLMQNTGIAWYRSLQVCKHLEMHRRAPVPRVTAGFREKVTQAVAVVKLG

Entity 13 polymer

描述 description	RAP domain-containing protein
分子量 formula_weight	66455.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HM

FSSLRLSQKDARGSGYLPAQRFLSLLKASPEEYRSLLREATQAKIVDPAFLRVASQRFFALSDRFYPPEILDILSDFASFPYSDEALLAAVAGRLEDQLVEPSPKRLAALLSLSARLGLCHPSIRDPLTKHIEEKMYAFDAALLDSLCRTVGSLLSPRLPLLDGLATQAQLLASDLRAGEQSLETGDEVAQRRYIALLFRCLEGLSRQRYSQSALVDACVACAEQHGQAFPLHDTLRAVAAARRLDLAGIEEPLRRSDMADKVNRATDRGDQLLALLRHLDLLRLRDSQLLQKVSEAVELHSQKAAFLATQLPEALLHLTRLAPADLRLPVALLSQPSLLAMAPRLSAAQLQQLLSASALVLFQHIQRREGGQGGDPLIAREAEALAKTVERFLDLLKPQFLSLNLRDRRALKEAASLFLVEAKGAAKSSAASPQFALAPKTVDFCCFLEEADVAPPLPLAPSGGVDFQSVGLVEACSRLVLCADARFSETRNSARGASEGDTKKGDSEKTSLPQTAGRDMEAAAKQRALLFVSPRDAFADARRSRGETVSKSSKAKEREETTTCKLGGVSTDLPVSITPQAASSLLLTQLALIRRGILRHEIQTCIPPP

Entity 14 polymer

描述 description	mS161
分子量 formula_weight	3360.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HN

CMNKKNRLALRKRRRRMGERVSLRYR

Entity 15 polymer

描述 description	mS152
分子量 formula_weight	19762.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HO

TRGFRWDLCQRGRRRWVHINYPPRNRSTVQMLDESHEKLVFVCNGYIDRLDPRLLPERLRKRLERNRKAALTRFDGKLPWGQAVESAIKRIHTPCLAFAQAHSHHLLEAFSMAEVLEIEKLIPEIREAFKASKAKLAEQEAQDKFTRHVSVDLVDLKEDPVSFPFTLK

Entity 16 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
分子量 formula_weight	27990.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HP

KKKRGKKEKVILNAEQVATKTRLPPIRLEDRITPEPPATVARNIRSQISRAVAGWKTKRMFTYRNKYRLRRLVGMTHDIDSDDEFAQANARTRETNASTSKVSSSGCSTEKAEGVNGSTMGRRNRPSFAGRTFVTPLTKLQHQAALPRSPLHARFDFPHTVHYDVFWGPPQVEEEPNKSGCWVSFRVADLKLSDSQEQRLLDILGPERYDEQTGVVCLEADVFPQLNHNAAYLGDILQQLMREVKK

Entity 17 polymer

描述 description	mS141
分子量 formula_weight	82984.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HQ

LLDTGEIVPGAFASVKKVGDFPLLPLSLLLSRLKERRQELLRDWQVHAVRQAAVREPLAEATRENDGGAGPRAVEAFAREEERIQRKIKILELLACGGLEENASSQGAIGDAKRIAFLAHADAVNLLLLLAAEAETLARPGEREETEGKEGSSAVGEISKQEERQLWRLKCEGNEEKWNLCISRLKELALDHEDSFLVFYAMCSTNRFDAVLLPALLERLEASFFSSQALSKPLFHPIFEVWDPPCESFAALINVLPLSAKAVVVTADRRSERERRENEGWLAPPEAPPLVLPNWQTMHPVDMEAWEKKQRRVVRTRHVKAKIIRQADGRKLAATMALHGRQAIHRDAAVSSLVSVAAMCASNSQRALRGELLPETLNLLAAELLGRSADALSPHLLSLSFLLSQSSVSLTERLFLHLEAVLRGWLEENGFVEKKQTENVDGESKELCTETASEKRRKASEEQLRNLPPGLNVFGLVQSSPSSSDALLASGERSETSKSADTESALWESRVLAALLSSFLRVDDYRPSLDFVLLLSDALRNSLRRTAVLSSASESSAPLAIHEKDVLSLKETGALLSSFATSGYAVPPSLMACLVEHFLYDVDLFLTSSPLSPFASSPSSSSSSAEEAEQLSQSFFCSSRGRATPGDCATLLHSLASPSPLSSERLAAADKAGEQKTANLEKLRFEAMTQAWRLVAPVLHLLQPPCKLLILNSLQTAHAPPDVSSTAFFQRSLETFLRDNPDVDSSLLGSLFGTQGR

Entity 18 polymer

描述 description	AP2 domain transcription factor AP2IX-6
分子量 formula_weight	20114.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HR

RQEFFWPEKARRTRVPLYQNSRPNLVYDQRFRRFMCMWYANGVQVFRPFSCRGRRGGRGKEGLPDGLGIGRGSGTWERARAKAVVLLKQLQRQGHLDRLAKPDVTRSGVRGVYFDTEEKLWVATWNEHGLRRFKAFPTMEMGFDAAYQAAVAVRRQKLRENYIFSMQRNR

Entity 19 polymer

描述 description	Acylphosphatase-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	14236.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HS

TAPRVVRDRDETNFHEMLGKFRFDLQGSFKENGDMLRDSLLQVGRDLFLVGWVKCRSRFATGHIQGDVHALSYMRRYLEKHVDESVSSVRFYEENFGMPLLEYERLSAVNDFRAPGKKQQH

Entity 20 polymer

描述 description	mS33/mS27
分子量 formula_weight	46515.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HT

MRRLASPSLRRLQEGQTPHSMRKSAVADARKKIFGYACGMPGEEQWVRPLQGRQMMKWYWPSKYMLQDVQMAQYFQMQAMRFAPRPAHVSLTTLSATMEQCWKKRDAVRAFFQSIDEKVLRENPTLQDLYGLYRTLCPDDPLRTPVDPALWRDPGFTWQHTADQRIVSSSTNREQQGDPSEPAMATRRVAQEQATDKRHISPANINDDVAALLFSRTEQSGAIRNVCAASPYLHGGKNNRSRDRFHNGAREANSSEEDSLEQPKSLILDTESRGTALSRSRTQECLLALSALAETGLGQSASELIQQPVVLRVDIGLGDREPVQDTTAFRKKQEQSRRTLQAALDHDERLARYHGAKHRFFDPLFRRRRLSFLDRFARERIKGEKARQLGAQLYVKHPDQKPVWP

Entity 21 polymer

描述 description	SSUB-SSU
分子量 formula_weight	18433.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	bN

UAGACUAGCGUUGGAGCACAUUGUUUCAUUCGAUAGUCCACGCUCAAUCUUACCAUAC

Entity 22 polymer

描述 description	SSUD
分子量 formula_weight	18120.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hB

GGAAGCUGGAAGACGGAAUCGUUAUUAAGCGCCAGGUAGUCCUGGACACUGAAUCC

Entity 23 polymer

描述 description	ulr22
分子量 formula_weight	4547.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hD

UUUUUUUUUUUUUUU

Entity 24 polymer

描述 description	RNA9-SSU
分子量 formula_weight	21695.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hG

UUCACCUAGCCAACACGAUCCGGUUGUUUGGGAACAAUUCCCUUCUAGAAGGGUAAUCUAUGUGCUAC

Entity 25 polymer

描述 description	RNA5-SSU
分子量 formula_weight	10621.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hL

CGUAGCUGUAGAUGAAUGCUAAUUAUAGAGUAU

Entity 26 polymer

描述 description	ulr23
分子量 formula_weight	3016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hM

UUUUUUUUUU

Entity 27 polymer

描述 description	RNA19-SSU
分子量 formula_weight	8653.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hR

UAUUGUGUUAGCAUGGUUUCGAGAACA

Entity 28 polymer

描述 description	ulr24
分子量 formula_weight	5159.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	hS

UUUUUUUUUUUUUUUUU

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22169

fit	/app/data/saxs_computation/fi/9fi8/9fi8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/9fi8/9fi8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/9fi8/9fi8.dat

SSU(head) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)