SAXSdb — 9fkd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fkd
沉积日期 deposition_date	2024-06-03
结构标题 title	Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
关键词 keywords	progesterone, binder, de novo, Fab, anti-kappa, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.74 Å
零角强度 I(0) i0	159285000.00
分子量 molecular_weight	102110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127810 Å³
包络体积 envelope_volume	181060 Å³
水化壳体积 shell_volume	40862 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.56 Å
包络 Rg envelope_rg	39.43 Å
形状 Rg shape_rg	39.70 Å
总 Rg total_rg	39.99 Å
总原子数 total_atoms	7193
残基数 n_residues	933
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	159200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8399
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.463
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.463
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.618

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	De novo designed DBPro1156_2 binder
分子量 formula_weight	8087.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7193

DEKAKTAETLIWQLFGKAMQQSDPNEAEKLLKKAEELAKKANDPRLEQVVRQHQVVVRFLVGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DB3 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	25930.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

ETGQIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYAFTNYGVNWVKEAPGKELKWMGWINIYTGEPTYVDDFKGRFAFSLETSASTAYLEINNLKNEDTATYFCTRGDYVNWYFDVWGAGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	DB3 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	24332.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ETGDVVMTQIPLSLPVSLGEQASISCRSSQSLIHSNGNTYLHWYLQKPGQSPKLLMYKVSNRFYGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYFCSQSSHVPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Anti-kappa Fab Light Chain
分子量 formula_weight	24115.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

ETGSIVMTQTPKFLFVSAGDRVTITCKASQSVSNDVEWYQQKPGQSPKLMIYFASKRYNGVPDRFTGSGFGTEFTFTISTVQAEDLAVYFCQQDYSSPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Anti-kappa Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25346.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

ETGEVKLLESGGGLVQPGRSLRLSCIASGFDFSGYWMTWVRQAPGKGLEWIGDINPDSSTINSTPSLKDKVIISRDNAKNTLFLQMSKVRSEDTALYYCAQRGNYVPFPYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	PROGESTERONE
分子量 formula_weight	314.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192055

fit	/app/data/saxs_computation/fk/9fkd/9fkd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/9fkd/9fkd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/9fkd/9fkd.dat

Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)