9fku

Crystal Structure of AimR from Katmira phage

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fku
沉积日期 deposition_date	2024-06-04
结构标题 title	Crystal Structure of AimR from Katmira phage
关键词 keywords	Arbitrium receptor, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.93 Å
零角强度 I(0) i0	126639000.00
分子量 molecular_weight	92021.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116120 Å³
包络体积 envelope_volume	144300 Å³
水化壳体积 shell_volume	37753 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.56 Å
包络 Rg envelope_rg	31.92 Å
形状 Rg shape_rg	31.93 Å
总 Rg total_rg	32.48 Å
总原子数 total_atoms	6468
残基数 n_residues	784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8873
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.687

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Arbitrium receptor
分子量 formula_weight	45261.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6875

MELIRIAMKKDLENDNSLMNKWATVAGLKNPNPLYDFLNHDGKTFNEFSSIVNIVKSQYPDREYELMKDYCLNLDVKTKAARSALEYADANMFFEIEDALIDSMISCSNMKSKEYGKVYKIHRELSKGEIDVFEASANIGKQRIKTAEMNIFSKMLLMYDCLNKGNFAPMMLLFQQIDLSEIKENRYLKNSFETRINVLLSNIYLNENNLELCREYAQKAISSTDTQRFLVFSYLTIGTSYIFSDFNLSKQNYLIGLKFAKGNPGFEEFFKRNLSFLNNFWNKENEWINYDSDAVTDMQEVIFELINHKELSKALQLLNKLEERDQNENELGFHYYLKGLITNEKEAFFKSVEYFKASQDKLSIKMPLIQLEKMGENPRLLKIITM

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	GLY-VAL-VAL-ARG-GLY-ALA
分子量 formula_weight	558.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GVVRGA

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	396

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.765 Å
晶胞边长 b length_b	203.582 Å
晶胞边长 c length_c	143.069 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.690 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2121

fit	/app/data/saxs_computation/fk/9fku/9fku.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/9fku/9fku.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/9fku/9fku.dat

Crystal Structure of AimR from Katmira phage

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)