9fll

Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptococcus pneumoniae containing a zinc atom at the binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 45.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fll
沉积日期 deposition_date	2024-06-05
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptococcus pneumoniae containing a zinc atom at the binding site
关键词 keywords	PEPTIDOGLYCAN HYDROLASE, PNEUMOCOCCAL CELL-WALL METABOLISM, ZINC-BINDING PROTEIN, LYSM-CONTAINING PROTEIN, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.17 Å
零角强度 I(0) i0	3547120.00
分子量 molecular_weight	12517.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15309 Å³
包络体积 envelope_volume	17515 Å³
水化壳体积 shell_volume	11349 Å³
包络直径 envelope_diameter	44.3 Å
壳层 Rg shell_rg	18.88 Å
包络 Rg envelope_rg	13.42 Å
形状 Rg shape_rg	13.13 Å
总 Rg total_rg	14.50 Å
总原子数 total_atoms	1680
残基数 n_residues	110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5470e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8870e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3547000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	534200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.955

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	LysM domain-containing protein
分子量 formula_weight	14073.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA
原子数 atom_count	1680

GAAPDYAGLAVAKSENAGLQPQTAAFKEEIANLFGITSFSGYRPGDSGDHGKGLAIDFMVPERSELGDKIAEYAIQNMASRGISYIIWKQRFYAPFDSKYGPANTWNPMPDRGSVTENHYDHVHVSMNG

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae R6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	171101
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	57.177 Å
晶胞边长 b length_b	57.177 Å
晶胞边长 c length_c	32.397 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	14.710 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/fl/9fll/9fll.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fl/9fll/9fll.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fl/9fll/9fll.dat

Crystal structure of the C-terminal domain of VldE from Streptococcus pneumoniae containing a zinc atom at the binding site

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction