9foy

Ternary complex of a Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase core fusion with DNA and the inhibitor AMK32b

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9foy
沉积日期 deposition_date	2024-06-12
结构标题 title	Ternary complex of a Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase core fusion with DNA and the inhibitor AMK32b
关键词 keywords	TYPE IIA TOPOISOMERASE, ANTIBACTERIAL, INHIBITOR, ISOMERASE, FUSION PROTEIN; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.58 Å
零角强度 I(0) i0	528659000.00
分子量 molecular_weight	175880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215810 Å³
包络体积 envelope_volume	291520 Å³
水化壳体积 shell_volume	64125 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.58 Å
包络 Rg envelope_rg	36.34 Å
形状 Rg shape_rg	36.58 Å
总 Rg total_rg	37.03 Å
总原子数 total_atoms	12316
残基数 n_residues	1500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	528700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9019
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	84383.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12316

SNALVRRKSATDIGGLPGKLADCRSTDPRKSELYVVEGDSAGGSAKSGRDSMFQAILPLRGKIINVEKARIDRVLKNTEVQAIITALGTGIHDEFDIGKLRYHKIVLMADADVDGQHISTLLLTLLFRFMRPLIENGHVFLAQPPLYKLKWQRSDPEFAYSDRERDGLLEAGLKAGKKINKEDGIQRYKGLGEMDAKELWETTMDPSVRVLRQVTLDDAAAADELFSILMGEDVDARRSFITRNAKDVRFLDVTDTTLPPDDSLDRIEPVDIEQEMQRSYIDYAMSVIVGRALPEVRDGLKPVHRRVLYAMFDSGFRPDRSHAKSARSVAETMGNYHPHGDASIYDSLVRMAQPWSLRYPLVDGQGNFGSPGNDPPAAMRYTEARLTPLAMEMLREIDEETVDFIPNYDGRVQEPTVLPSRFPNLLANGSGGIAVGMATNIPPHNLRELADAVFWALENHDADEEETLAAVMGRVKGPDFPTAGLIVGSQGTADAYKTGRGSIRMRGVVEVEEDSRGRTSLVITELPYQVNHDNFITSIAEQVRDGKLAGISNIEDQSSDRVGLRIVIEIKRDAVAKVVINNLYKHTQLQTSFGANMLAIVDGVPRTLRLDQLIRYYVDHQLDVIVRRTTYRLRKANERAHILRGLVKALDALDEVIALIRASETVDIARAGLIELLDIDEIQAQAILDMQLRRLAALERQRIIDDLAKIEAEIADLEDILAKPERQRGIVRDELAEIVDRHGDDRRTRIIAIGSG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2451.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

AGCCGTAG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPAPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3638.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

GTACCTACGGCT

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1~{S})-2-[4-[[4-bromanyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]cyclohexyl]-1-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)ethanol
分子量 formula_weight	506.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(1~{R})-2-[4-[[4-bromanyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]cyclohexyl]-1-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)ethanol
分子量 formula_weight	506.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.041 Å
晶胞边长 b length_b	131.703 Å
晶胞边长 c length_c	96.281 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	69.230 Å
R 因子 r_factor	0.2806
R_work r_work	0.2793
R_free r_free	0.3041

fit	/app/data/saxs_computation/fo/9foy/9foy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fo/9foy/9foy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fo/9foy/9foy.dat

Ternary complex of a Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase core fusion with DNA and the inhibitor AMK32b

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)