9ftk

;Crystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3 bound to substrate intermediate ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ftk
沉积日期 deposition_date	2024-06-24
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	;Crystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3 bound to substrate intermediate ;
关键词 keywords	hydratase, aldolase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.76 Å
零角强度 I(0) i0	1245250000.00
分子量 molecular_weight	293210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	365790 Å³
包络体积 envelope_volume	459220 Å³
水化壳体积 shell_volume	75609 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.1 Å
壳层 Rg shell_rg	55.23 Å
包络 Rg envelope_rg	48.55 Å
形状 Rg shape_rg	49.74 Å
总 Rg total_rg	49.98 Å
总原子数 total_atoms	20596
残基数 n_residues	2609
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1245000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8514
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.407

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
分子量 formula_weight	38387.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,G,H,J,K
原子数 atom_count	24807

MRGSHHHHHHGSMSNKIMKTSRLTAEDINGAWTIMPTPSTPDASDWRSTATVDLEETARIVEELIAAGVNGILSMGTFGECATLTWDEKRDYVSTIVETIRGRVPYFCGTTALNTREVIRQTRELIDIGANGTMLGVPMWVKMDLPTAVQFYRDVADAVPEAAIAIYANPEAFKFDFPRPFWAEMSKIPQVVTAKYLGIGMLDLDLRLAPNIRFLPHEDDYYAAARINPERITAFWSSGAMCGPATAIMLRDEVVRAKSTGDWAKAKAISDDMRAADSTLFPRGDFSEFSKYNIGLEKARMDAAGWLKAGPCRPPYNLVPEDYLAGAQKSGKAWAALHAKYSNELK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas fluorescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	294
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4R)-4-hydroxy-4-(2-hydroxyphenyl)butanoic acid
分子量 formula_weight	196.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	SALICYLALDEHYDE
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3945

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	144.511 Å
晶胞边长 b length_b	199.715 Å
晶胞边长 c length_c	144.511 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	46.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1773
R_free r_free	0.2154

fit	/app/data/saxs_computation/ft/9ftk/9ftk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ft/9ftk/9ftk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ft/9ftk/9ftk.dat