9fve

Crystal structure of VcSiaP W73A mutant in complex with sialic acid and a VHH antibody (VHH_VcP#2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 185.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fve
沉积日期 deposition_date	2024-06-26
结构标题 title	Crystal structure of VcSiaP W73A mutant in complex with sialic acid and a VHH antibody (VHH_VcP#2)
关键词 keywords	Substrate binding protein, sialic acid, TRAP transporter, VHH antibody, Nanobody, Complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.72 Å
零角强度 I(0) i0	4688740000.00
分子量 molecular_weight	569020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	708030 Å³
包络体积 envelope_volume	1048900 Å³
水化壳体积 shell_volume	141570 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.0 Å
壳层 Rg shell_rg	67.11 Å
包络 Rg envelope_rg	57.22 Å
形状 Rg shape_rg	59.72 Å
总 Rg total_rg	59.88 Å
总原子数 total_atoms	79063
残基数 n_residues	5063
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.8 Å
Rg (实空间) rg_real	59.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4694000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6471
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.021
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	258300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.606

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
分子量 formula_weight	33991.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,U,W,Y
原子数 atom_count	79063

GAMGATTLKMGMQASVGSVEYNSAKMLADTLEEMSQGEIKLALYPSAQLGDDRAMLQQLTLGDLDITYAEFGRMGLAIPRAEAVMLPYVAKDFDHLRRMFESDFGQGVRDEMLQKFNWRALDTWYNGTRETTSNRPLNSIEDFKGLKLRVPNAKQNLNYAKLSGASPTPMSFSEVYLALQTNAVDGQENPLPTIKTMKFYEVQKNLAMTHHIVNDQMVIISESTWQKLSDTDKDIIQKAVQKVGDAHTQTVKTQEAELVSFFKSEGINVTYPDLEPFREAMQPLYKEFDSNIGQPIVSKLAAM

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	alpaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	VHH_VcP#2
分子量 formula_weight	13483.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

GSQVQLVESGGRLVQTGGSLRLSCAASGDTFSNYVMGWFRQAPGKEREFVAAISWTGANSYYADSVAGRFTISRDNAKNTVALQMNSLKPEDTAIYYCAADHFHVTHRKYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	alpaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	223.570 Å
晶胞边长 b length_b	153.113 Å
晶胞边长 c length_c	210.487 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	34.240 Å
R 因子 r_factor	0.2342
R_work r_work	0.2338
R_free r_free	0.2669

fit	/app/data/saxs_computation/fv/9fve/9fve.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fv/9fve/9fve.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fv/9fve/9fve.dat

Crystal structure of VcSiaP W73A mutant in complex with sialic acid and a VHH antibody (VHH_VcP#2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)