9fvq

Ferric-mycobactin receptor (FemA) in complex with pyochelin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fvq
沉积日期 deposition_date	2024-06-27
结构标题 title	Ferric-mycobactin receptor (FemA) in complex with pyochelin
关键词 keywords	Pyochelin, TonB dependent transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.86 Å
零角强度 I(0) i0	352545000.00
分子量 molecular_weight	150580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187530 Å³
包络体积 envelope_volume	231560 Å³
水化壳体积 shell_volume	52844 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.12 Å
包络 Rg envelope_rg	35.67 Å
形状 Rg shape_rg	35.89 Å
总 Rg total_rg	36.23 Å
总原子数 total_atoms	20914
残基数 n_residues	1340
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	352500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8798
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.335
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.861

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferric-mycobactin receptor, FemA
分子量 formula_weight	72906.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	21968

GAETLPAEYAGGQVARGARLGMLGNADVMDAPFSITSYTARTIEQQQARSVADLLQANDPSVRVVGGRGDLVDSYTIRGFSVQNADVAFNGLYGLLPFWRVPIEFAERVEVLKGPNALLGGISPGGSVGGTINLVPKRADDQPLTRVSVDWTQRGQLGTHLDIGRRFGENNAFGVRFNGVYRNGDTAVDHQSREFPMLSLGLDFRGERLRLSSDLLYQKESLEGVVRPLLTGPGTTHIPHAPDSKTRFGLRDSYLDQEDYSMVNRGEYDLADNLTAFASIGGRQSNYETIAANSILVGNQGDIVNSLARQRGDRRTYSAEVGLRGNFDTGPLRHDWTLSANRLHERLGMVYAFTGMQSGNLYQTSPHTPLPDFSSLDGSIPKTNETDLGGVALADRLSFLEDRVQVTLGVRRQQIESRNYDQTSGARTSHDKRHVWTPMASVLVKPLQDLSLYANYIQGLSQGEAAPMTAANAGQVLAPYKAEQYEIGAKYDLGGFTTTLALFEIRKPNAYTDASNVFRADGEQRNRGVELSLYGEPLDGVRVMAGATYIKPEQNKTGDPASEGKDAPGVARRQANLGVSWDTPFVDGLTLDSRWIYTGSAYVDSANALAVPHWNRVDLGAAYAFQVAGKPLVARANLENALGKDYWTAANGYLSISSPRTLSLSLTADF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYOCHELIN FE(III)
分子量 formula_weight	378.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	Pyochelin Fe(III) isomer
分子量 formula_weight	378.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 5 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	pentane-2,4-dione
分子量 formula_weight	100.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 8 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	740

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.836 Å
晶胞边长 b length_b	84.662 Å
晶胞边长 c length_c	86.965 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.96 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.58 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.031 Å
最低分辨率 resolution_low	66.720 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1821
R_free r_free	0.2232

fit	/app/data/saxs_computation/fv/9fvq/9fvq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fv/9fvq/9fvq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fv/9fvq/9fvq.dat