9fw3

Cryo-EM structure of IrtAB 2xEQ mutant in outward-occluded state in nanodisc in complex with mycobactin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 119.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fw3
沉积日期 deposition_date	2024-06-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of IrtAB 2xEQ mutant in outward-occluded state in nanodisc in complex with mycobactin
关键词 keywords	ABC transporter, type IV ABC importer siderophore, mycobactin, heterodimeric ABC transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.35 Å
零角强度 I(0) i0	213898000.00
分子量 molecular_weight	121720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154170 Å³
包络体积 envelope_volume	191810 Å³
水化壳体积 shell_volume	45872 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.04 Å
包络 Rg envelope_rg	36.08 Å
形状 Rg shape_rg	36.42 Å
总 Rg total_rg	36.39 Å
总原子数 total_atoms	17436
残基数 n_residues	1122
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	213900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5985
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.593
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	96010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.028; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.622

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Mycobactin import ATP-binding/permease protein IrtA
分子量 formula_weight	64374.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.2.-
突变 mutation	E815Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17436

SRAEAGSRLLAPLKKPLIVSGVLQALITLIELAPFVLLVELARLLLGGAEAERLWTLGLTAVSLIGLGAVLAAAMTLWLHRVDARFAHELRGRLLTKLSRLPLGWFTRRGSASTKQLVQDDTLALHYLITHAIPDAVAAVVAPVAVLVYLFVADWRVALVLFIPVLVYLVLMSVMTIQSGSKIAQAPRWAERMGGEAGAFLEGQPVIRIFGGAAASRFRRRLDDYIDFLVSWQRPFVGKKTLMDLVTRPATFLWIILVAGVPLVVTGRMDPVNLLPFLLLGTTFGARLLGIGYGLSGIQTGMLAARRIQTVLDEPELVVRDRTGQAGTDHASGDQARPGTVELDRVSFEYRPGVPVIRDVTLTLRPGTVTALVGPSGSGKSTLAALVARFHDVTQGAIRVDGRDIRTLTADELYRRVGFVLQDAQLVHGSVAENIALAEPDAGLERIRTAARDAQIHDRITRMPDGYDSVLGAGSALSGGERQRVTIARAILADTPVLVLDQATAFADPESEYLVQQAINRLTRDRTVLVIAHRLHTITHADQIVVLDDGRIVEVGTHDELLAAGGRYRGLWDSGRYSSPDAGRPVSADAVEVGR

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1078020
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 2 polymer

描述 description	Mycobactin import ATP-binding/permease protein IrtB
分子量 formula_weight	61558.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.2.-
突变 mutation	E493Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIRTLLRLVPAEKRGAVAGYAVLTLLSVLLRAVGAVLLIPLLAALFSDTPSDAWLWLGWLTAVTLAGWVTDTNTARLGFDLGFAVLSRTQHDMADRLPNVAMSWFTPDNTATARQAIAATGPELAGLVVNLLTPLIGAALLPAAIGVALLFVSVPLGLAALAGVAVLFGALALSGRLSRAADKVAGETNSAFTERIIEFARTQQALRAARRVEPARSQVGSALAAQHGAGLRLLTMQIPGQVLFSLAGQVALIGFAGMAVWLTVRGQLGVPEAIALIVVLVRYLEPFAAIADLAPALETTRATLNRIQAVLDAPTLPAGRRRLDRTGAAPSIEFDDVRFSYGDEVVLDGVSFTLRPGNTTAIVGPSGSGKTTILSLIAGLQQPASGRVLLDGVDVTTLDPEARRAAVSVVFQHPYLFDGTLRDNVLVGDPEADPDDVTAAMRLARVDELLDRLPDGDATVVGEGGTALSGGERQRVSIARALLKPAPVLLVDQATSALDNANEAAVVDALTADPRPRTRVIVAHRLASIRHADRVLFVEAGRVVEDGAIDELLAAGGRFAQFWAQQQAASEWAIGSTARALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1078020
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	Mycobactin S
分子量 formula_weight	908.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	283525

fit	/app/data/saxs_computation/fw/9fw3/9fw3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fw/9fw3/9fw3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fw/9fw3/9fw3.dat

Cryo-EM structure of IrtAB 2xEQ mutant in outward-occluded state in nanodisc in complex with mycobactin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)