9fy7

Dye Type Peroxidase Aa from Streptomyces lividans with N3 ligand by serial electron diffraction (SerialED)

Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY D_max: 84.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fy7
沉积日期 deposition_date	2024-07-03
结构标题 title	Dye Type Peroxidase Aa from Streptomyces lividans with N3 ligand by serial electron diffraction (SerialED)
关键词 keywords	serial electron diffraction, SerialED, DPtAa, oxireductase, heme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.28 Å
零角强度 I(0) i0	107627000.00
分子量 molecular_weight	80129.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99624 Å³
包络体积 envelope_volume	116770 Å³
水化壳体积 shell_volume	35970 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.73 Å
包络 Rg envelope_rg	26.40 Å
形状 Rg shape_rg	26.27 Å
总 Rg total_rg	27.13 Å
总原子数 total_atoms	11172
残基数 n_residues	729
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9047
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.492
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Deferrochelatase
分子量 formula_weight	40039.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12115

DPAGADAGSAVPFHGAHQAGIATPVQDRLHFAAFDVTTEDRAAFVALLKEWTAAARRLTAGHAVGEGAYGGLPEAPPDDTGEALGLKPSRLTLTIGFGPSLFTRFGLADLRPEALADLPKFPGDNLDRARSGGDLCVQACADDPQVAVHAIRNLARIGFGKVVVRWSQLGFGKTSSTTPDKQTPRNLLGFKDGTRNIAGTEKDRLDRFVWAAEKDGTPWMTGGSYLVARRIRMHIETWDRASLQEQEDVFGRDKGEGAPVGKAKERDEPFLKAMKPDAHVRLAHPDSNGGATLLRRGYSFTDGTDGLGRLDAGLFFLAYQRDIRTGFVPVQRNLATDALNEFIQHVGSAVFAVPPGVRDADDWWGSTLFGK

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces lividans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1916
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	877

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.770 Å
晶胞边长 b length_b	67.400 Å
晶胞边长 c length_c	73.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	21.470 Å
R 因子 r_factor	0.2172
R_work r_work	0.2161
R_free r_free	0.2390

分辨率 resolution	1.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/fy/9fy7/9fy7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/9fy7/9fy7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/9fy7/9fy7.dat

Dye Type Peroxidase Aa from Streptomyces lividans with N3 ligand by serial electron diffraction (SerialED)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D